Обнаружил, что результат расчета может зависеть от того, на скольких ядрах пускается Природа.
На рисунке изображены графики шаг оптимизации — энергия при расчете на разных количествах ядер одного и того же процессора Природой p6_64 и для сравнения на другом процессоре (Природой p6_32). Пути оптимизации в каждом случае разные, причем в одном случае задача не сошлась (p6_64 -np 4).
Картинка: http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/pritext.pdf
Инпут-файл: http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/pritext.in

Хочу однако заметить, что не все так плохо. Просто попалась нестабильная задача, при оптимизации неочевидного переходного состояния из плохого начального приближения такие попадаются. Обычно, конечно же, все нормально, результаты на разных машинах / версиях Природа если и отличаются, то  в совершенно незначащих цифрах после запятой.