Сделал 0-ю версию. Идеологию скрипта KBr постарался сохранить, хотя не уверен, правильно ли это. Добавил возможность запуска не всех расчетов, а выбранных по маске, а также (и, наверное, это важнее) расчет другими программами, не только pcgamess (IMHO, предложенная oxchem программа покрывает 95% потребностей юзеров pcgamess, а с Природой или ORCA, например, ситуация хуже).

Скрипт почти не тестирован. Здесь надеюсь на сообщество.
Скрипт довольно подробно комментирован, есть хелп (опция -h) и опция -debug, так что подробности — в тексте скрипта.

Для работы нужен дистрибутив perl, на linux, скорее всего уже есть, для винды — лучше от ActiveState. Это бесплатно. Например, эту версию:
http://downloads.activestate.com/ActivePerl/Windows/5.8/ActivePerl-5.8.8.824-MSWin32-x86-287188.msi

Скрипт:
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/steps.pl
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/steps_win.pl
Отличаются только кодировками русских букв (в последнем — комментарии в cp1251, а текст хэлпа, выдаваемый через cmd — в досовской кодировке ???).

Буду благодарен замечаниям и предложениям.