Мне нравится идеология, реализованная в bath systems, о которых выше говорил qadir. Что-то подобное, в упрощенном, конечно, варианте, под linux и можно было бы сделать, но смысла не имеет — уже есть. А сделать такую систему под win, а тем более платформо-независимой — слишком сложно для меня.

Но для для расчетов на компьютере, персонального в буквальном смысле, вполне подойдет Ваша идеология.
Только вот Ваш скрипт у меня оказался нерабочим — оно и неудивительно, чтение файла в цикле и одновременно изменение этого же файла в том же цикле может приводить к ошибкам. Поэтому я этот скрипт чуток подправил, вдруг пригодится. Заодно убрал '.inp' из названий output-файлов.
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/steps1.sh