Для изомеров (и конформеров) можно сравнивать их полные энергии.
Вообще, можно сравнивать энергии фигуративных точек, принадлежацих одной и той же поверхности потенциальной энергии (ППЭ), т.е., например, учесть диссоциацию молекулы или реакцию молекул.
Для основного (быть может вырожденного) состояни и возбуждённых состояний тоже можно сравнивать полные энергии.

Для разных по составу молекул сравнивать их энергии бесполезно, если, конечно, Вас не интересует процесс разделения молекулы на бесконечно удалённые друг электроны и ядра.

Ваша задача (дан набор изомеров — найти самый стабильный) решается так:

оптимизируем геометрии молекул (вообще все изомеры) — получаем локальные минимумы на ППЭ (лкальный минимум = вот теперь Ваша молекула). Сравниваем их полные энергии. Можно вычислить относительные энергии, если выбрать один из локальных минимумов за начало отсчёта.
С помощью Gaussian можно вычислить термодинамические функции (в обычном для стат. физике приближении).
Если хочется вообще всех поразить, то выполняете оптимизацию с поиском переходных состояний. Далее строите ПМЭР (путь минимальной энергии реакции) с помощью  IRC.

Т.о., получаете фрагмент ППЭ и изучаете перегруппировки молекулы.

Превосходное введение в методы моделирования можно найти в книге
Компьютерная химия. М. Е. Соловьев, М. М. Соловьев. ISBN: 5-98003-188-X.