Золотые слова!

Я тут провел небольшое сравнение производительности Природы и GAMESS'а. Цель — поместить их в как можно более равные условия и проверить воспроизводимость. Оптимизировал геометрию синглетного СН₂ в симметрии С₁, DFT, функционал BLYP, базис L2 (природовский "cc-PVTZ", не поленился, переделал его для GAMESS'а; замечу, что почти такая же геометрия получается и "настоящим" cc-PVTZ). Шагов оптимизации примерно одинаково (в GAMESS'е использовал делокализованные координаты). Обычный однопроцессорный PC.

После оптимизации энергии различаются на 0.001 a.u., геометрии — практически одинаковы (1.120 ангстрем и 100.6 град.). Т.е. воспроизводимость, я считаю, имеется.

По времени: Природа 0.26 мин, GAMESS 11.7 мин (в 45 раз). При увеличении системы в 6 раз (до циклогексана тем же методом) Природа замедлилась в 30 раз (до 7.8 мин), GAMESS — в 300 (до 2 с лишним суток).

Я отдаю себе отчет, что если применять Природу не как DFT-программу (например, использовать другие методы, скажем, HF или riDFT/B3LYP), то разница в скорости будет отнюдь не такая значительная. Из других DFT-программ, кроме Природы пробовал DeMon, он по меньшей мере в несколько раз медленнее.

Итак, осмелюсь сделать следующий вывод: несмотря на все свои недостатки, у Природы есть своя область применения, откуда ее вряд ли кто в ближайшее время подвинет. Это большие несимметричные молекулы, для которых годится чистый DFT (из того, что я лично считал, очень хорошие результаты (ЯМР, ИК, ППЭ) получались на углеводородах и карбокатионах).