Evgeniy, Ваша анимация хороша! Даже рывки геометрии почти не заметны. Это лучше, чем делает molden.

Насколько я понял, Вы изменили smooth.pl так чтобы он выдывал файл в формате, пригодном для анимации в ChemCraft? Мне пришло в голову немного другое решение. Если для ChemCraft не подходит последовательность xyz-файлов в том формате, который используется у меня, то, может лучше сделать конвертор из "моего" xyz в формат, пригодный для анимации в ChemCraft? Это было бы более универсально. Ведь обработка с помощью smooth — не всегда конечная. После могут потребоваться другие обработки, а им понадобится xyz.

Сделать такой конвертор не трудно, если выложите пример файла, пригодного для анимации в ChemCraft, то я сделаю.