ChemCraft разные форматы понимает, наверное, поддерживает большее их число, чем любая другая программа. Просто я поспешил и всё вычистил из файлов, оставил только набор декартовых координат (в таком же виде их читает и QCC Front-End, только она тоже привязывается к каким-то близлежащим словам). В скрипте я подправил то, чтобы скрипт ничего другого больше не требовал и не проверял, только доходил до начала декартовых координат и считывал их.

Иметь универсальный скрипт было бы хорошо. Просто я плохо ориентируюсь в формате molden, поэтому поразбирался что ждёт ChemCraft от файла, у которого в первой строке в заголовке стоит слово Priroda.

Пример файла для ChemCraft во вложении. При анимации таким способом главное неудобство в том, что придётся на каждой точке нажимать кнопку "Add". Если бы вывод был не в формате шагов оптимизации структуры, а в режиме сканирования (пока не разобрался, по каким ключевым словам ChemCraft распознаёт сканирование в файле Природы), тогда бы достаточно было нажать кнопку 1 раз.