Сделал конвертор из xyz в усеченный гауссиановский формат.
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/xyz2scan
Пользоваться — как и большинством других скриптов, либо имя файла(ов) в качестве параметра, либо чарез stdin (в последнем случае можно организовывать конвейеры):
xyz2scan file.xyz > file.scan
reverse file.xyz | smooth | xyz2scan > file.scan

Evgeniy, а энергию в этот усеченный гауссиановский формат нельзя внедрить? А то я, например, неуютно себя чувствую, не имея  перед глазами энергетического профиля.

Заодно выкладываю программу, которую можно использовать для автоматической перенумерации. Версия из архива содержит серьезный баг и зависит от модулей для вычисления собственных чисел и векторов. Теперь в этих отношениях лучше.
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/tenzor