Evgeniy, у меня есть много скриптов для этой цели. Их описание и архив см. у нас на сайте:
http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html. Почти всегда скрипты работают с геометриями в формате xyz.

Некоторые скрипты из архива на сайте устаревшие, и нет последовательности действий, как робить.

Вкратце, примерно так (жирным шрифтом выделены названия скриптов и программ).

Сначала получить IRC в ту и другую сторону. Потом их объединить. Для этого одну из ветвей IRC нужно сделать в обратном направлении. Для этого reverse. Если ПС симметрично, то считать IRC можно только в одну сторону. Но потом перед объединением нужно дополнительно сделать reflect и renum.

Следующий шаг — соединить вместе две реакции с общим продуктом. Проблема здесь в том, что часто наборы геометрий для разных реакций не согласованы по нумерации и ориентации. Согласовать нумерацию — renum (с помощюю tenzor -sort это можно сделать автоматически). Согласовать ориентацию — smooth, reflect (последняя — если  общие продукты не накладываются друг на друга, т.е. явл. оптическими антиподоми), иногда может помочь tenzor.

Далее — делать собственно анимацию. Я пользуюсь molden-ом, он умеет показывать последовательность геометрий в движении и на каждое изображение создавать gif.
Если нужно наложить на изображение энергетический профиль — mldn-gif.

Соединять gif-ы в анимированный gif — под линух есть замечательная программка gifsicle, под винду я раньше пользовался крякнутой Gif Movie Gear (она же умеет далать avi). И там и там можно ImageMagick (но не рекомендую для этой цели, страшно ресурсоесмкий).

Максимальное число показов — у самого анимированного gif-а есть это свойство, задается при его изготовлении. Не знаю только, воспринимает ли его PowerPoint.

Масса примеров того, что получается у меня, есть у нас на сайте http://limor1.nioch.nsc.ru/quant.html. Но наверняка имеются и другие подходы к изготовлению анимации, очень интересно узнать и посмотреть на результат.

PS Я Вам написал в личку