Конечно, есть академические лицензии и прочее… Здесь более уместным будет сказать о разной идеологии этих операционных систем — Windows более "консервативна", ориентирована в основном для домашнего использования (кроме линейки Windows Server). В Linux разные нововведения появляются чаще, с конфигурированием тоже полная свобода.

ИМХО если есть возможность разделить функции персонального и расчетного компьютеров, на последнем лучше использовать Linux.