Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

Intel Core 2 Duo/Quad vs. AMD в Gaussian 03

  • В этой теме 8 ответов, 3 участника, последнее обновление 13 лет назад сделано Zheka.
Просмотр 9 сообщений - с 1 по 9 (из 9 всего)
Хранитель
Zheka
Хранитель

Была возможность сравнить производительность процессоров Intel Core 2 Duo и Intel Core 2 Quad с абсолютно одинаковой обвязкой (ОЗУ 4 ГБ) в программе Gaussian 03 (версии, оптимизированные для x86[Intel] и x86_64[AMD]). В качестве операционной системы во всех случаях использовалась ОС OpenSuSe Linux 10.2 x86_64. Тестовая задача будет приведена в сообщении ниже.

Табл 1. Время расчёта модельной задачи.

Процессор Версия Gaussian Время расчёта
Intel Core 2 Duo E6700 2.66 ГГц g03_b02_32 30 минут
AMD 64 X2 4200+ g03_c02_64c2 37 минут
Intel Core 2 Quad Q6600 2.4 ГГц g03_c02_64c2 37 минут
AMD 64 X2 4200+ g03_c02_64c1 39 минут
Intel Core 2 Duo E6700 2.66 ГГц g03_c02_64c2 57 минут

Примечание: каждый расчёт повторялся 2-3 раза, время расчёта не изменялось. Исключение составил расчёт на процессоре Intel Core 2 Duo E6700 2.66 ГГц в g03_c02_64c1, который один раз прошёл за 39 минут (больше такого не наблюдалось). Окончания "c1" и "c2" означают версии старой и новой компиляции Gaussian (оптимизированные под AMD).

Выводы: 64-битная версия сильно заточена под AMD, для обсчёта небольших систем лучше использовать версию для x86.

Хранитель
Zheka
Хранитель

Решил посмотреть что нового на сайте Gaussian, а там новость:

Gaussian 03 Revision E.01 available:

    * Read the release notes for more details.
    * Includes support for Intel Macs (details)
    * The AMD Opteron and EM64T platforms now have separate versions of Gaussian 03.
      For maximal performance, be sure to purchase and install the appropriate version for your hardware.
      You can use the:  cat /proc/cpuinfo
      command to determine the CPU type for a Linux computer system.

Вот оказывается как.

Участник
SeriousSem
Участник

Тестовая задача:

#P G3

Ethylene diamine

0  1

7               0.607602    1.461785   -0.460580
 1               1.605840    1.342129   -0.285640
 1               0.192750    1.628768    0.457188
 6               0.058691    0.200288   -0.958771
 1              -0.976433    0.385986   -1.282122
 1               0.612247   -0.097047   -1.858150
 6               0.058817   -0.960954    0.048070
 1              -0.312905   -1.877578   -0.446308
 1               1.091890   -1.164704    0.360312
 7              -0.699714   -0.577855    1.247354
 1              -1.696296   -0.567182    1.031318
 1              -0.577363   -1.273890    1.980193
Участник
oxchem
Участник
с абсолютно одинаковой обвязкой (ОЗУ 4 ГБ)

Можно ли считать, что обвязка одинакова, если на ядро в среднем приходится разный объём оперативной памяти?
Проводился ли расчет сразу на всех ядрах однопроцессорного компьютера? если да, то как было реализовано smp (с помощью Linda?)?

производительность процессоров Intel Core 2 Duo и Intel Core 2 Quad

Какой у Intel Core 2 Quad  степпинг (G0 или B03)?

PS чистота и повторяемость эксперимента — превыше всего -:)

Хранитель
Zheka
Хранитель
oxchem писал(а):
Можно ли считать, что обвязка одинакова, если на ядро в среднем приходится разный объём оперативной памяти?
Проводился ли расчет сразу на всех ядрах однопроцессорного компьютера? если да, то как было реализовано smp (с помощью Linda?)?

Всё равно использовалась не вся память, так что обвязку можно считать одинаковой
(расчёт проводился на одном и том же компьютере с заменой процессоров).

Расчёт проводился с использованием разделяемой памяти (shared memory, без Linda).

oxchem писал(а):
Какой у Intel Core 2 Quad  степпинг (G0 или B03)?
PS чистота и повторяемость эксперимента — превыше всего -:)

Степпинг G0, но разницы никакой нет, лишь по тепловыделению.

Расчёты повторялись раз по 5 (причем не подряд, проводилась перезагрузка системы).

Участник
oxchem
Участник

Хотелось бы уточнить: использует ли Гауссиан при расчёте на Intel Core 2 Quad Q6600 все четыре ядра?
Имеет ли смысл для увеличения производительности перекомпилировать kernel линукс? Вдруг  smp поддерживается как-то не так (не оптимально) на представленной/проверенной Вами версии ядра.

Участник
oxchem
Участник

Можете ли Вы выполнить ещё несколько тестов-расчетов, но уже "чистыми" (негибридными) методами — например, CCSD, BD, CASSCF?

Участник
oxchem
Участник

Возникли подозрения , что распределение памяти для 4-х ядер происходит не так-то уж просто как для 2-ядер (просто поставить
%NProcshared=4 вместо %NProcshared=2 не является достаточным).

Хранитель
Zheka
Хранитель
oxchem писал(а):
Хотелось бы уточнить: использует ли Гауссиан при расчёте на Intel Core 2 Quad Q6600 все четыре ядра?

Использует. Только не во всех типах расчёта, в некоторые физически ограничены не более двумя. Оптимальным можно считать как раз 4-ядра (или 2 двухядерных процессора).
На сайте Biowulf-а приведены особенности параллелизации разных методов

Zheka писал(а):
Gaussian на QChem
oxchem писал(а):
Имеет ли смысл для увеличения производительности перекомпилировать kernel линукс? Вдруг  smp поддерживается как-то не так (не оптимально) на представленной/проверенной Вами версии ядра.

Трудно сказать. Для этого нужно параметры ядра подобрать, при которых будут быстрее расчёты идти.
То, что будут выкинуты ненужные драйверы освободит некоторое количество памяти ОЗУ, например 50-100 МБ, но, IMHO, это мало как повлияет на расчёт. Больше должны влиять параметры кеширования и буферизации (если расчёт сильно нагружает диск), но считается что по-умолчанию у Linux-а они выставлены оптимальным образом (исключением является RHEL 5, который 100% зависает на тяжёлых расчётах, после того как съедается вся память ОЗУ и swap-а дисковым буфером).

oxchem писал(а):
Можете ли Вы выполнить ещё несколько тестов-расчетов, но уже "чистыми" (негибридными) методами — например, CCSD, BD, CASSCF?

Процессора E6700 у нас в наличии уже нет. Есть разные компьютеры (с обвязкой примерно одного уровня) с процессорами Intel Q6600, AMD Opteron x2, Athlon x2 4200. Возможно удастся провести небольшое тестирование на машине с 2-мя 4-х процессорными Xenon.

oxchem писал(а):
Возникли подозрения , что распределение памяти для 4-х ядер происходит не так-то уж просто как для 2-ядер (просто поставить
%NProcshared=4 вместо %NProcshared=2 не является достаточным).

Тестирование учитывает все эти эффекты, зачем голову забивать? 😉

Просмотр 9 сообщений - с 1 по 9 (из 9 всего)

Для ответа в этой теме необходимо авторизоваться.

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER