Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

Кв.хим. программа GAMESS и основанные на ней

Просмотр 15 сообщений - с 1 по 15 (из 17 всего)
Хранитель
Zheka
Хранитель

Квантовохимическая программа GAMESS(US), PC GAMESS и GAMESS-UK
Название: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System
Автор: Группа Марка Гордона, Лаборатория Ames, Гос.университет штата Иова (GAMESS(US));
   Грановский Александр, Лаборатория химической кибернетики МГУ (PC GAMESS, основана на GAMESS(US));
   CFS, ltd. (GAMESS-UK, основана на GAMESS(US));
Условия распространения: бесплатная (требуется регистрация на сайте) (GAMESS(US) и PC GAMESS);
   требуется лицензия (GAMESS-UK)
ОС: Linux, Windows, Max OS X, … (GAMESS); Windows, Linux (PC GAMESS); Linux, Windows, Mac OS X, … (GAMESS-UK);
Основные методы расчёта: HF, DFT, MP, … (GAMESS(US)); HF, DFT, MP, … (PC GAMESS); HF, DFT, MP, … (GAMESS-UK);
Последняя известная версия: от 27 марта 2007, 32- и 64-бит (GAMESS(US));
   версия 7.1, 32- и 64-бит (PC GAMESS); версия 7.0 (GAMESS-UK)
Страница загрузки: GAMESS(US), PC GAMESS, GAMESS-UK.

Описание: Многофункциональная квантовохимическая программа. Основной упор сделан на … расчёты.

Ссылки на статьи:
GAMESS(US):
1. "General Atomic and Molecular Electronic Structure System" M.W.Schmidt, K.K.Baldridge, J.A.Boatz,
S.T.Elbert, M.S.Gordon, J.H.Jensen, S.Koseki, N.Matsunaga, K.A.Nguyen, S.Su, T.L.Windus, M.Dupuis,
J.A.Montgomery J. Comput. Chem., 14, 1347-1363(1993).

2. "Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later" M.S.Gordon, M.W.Schmidt. pp. 1167-1189,
in "Theory and Applications of Computational Chemistry: the first forty years" C.E.Dykstra, G.Frenking, K.S.Kim,
G.E.Scuseria (editors), Elsevier, Amsterdam, 2005.

PC GAMESS:
1. A. A. Granovsky, PC GAMESS version 7.1, http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html.

2. A. V. Nemukhin, B. L. Grigorenko, A. A. Granovsky. Molecular modeling by using the PC GAMESS program:
From diatomic molecules to enzymes, Moscow University Chemistry Bulletin. 2004, Vol. 45, No. 2, P. 75.

GAMESS-UK:
1. M.F. Guest, I. J. Bush, H.J.J. van Dam, P. Sherwood, J.M.H. Thomas, J.H. van Lenthe, R.W.A Havenith,
J. Kendrick, "The GAMESS-UK electronic structure package: algorithms, developments and applications",
Molecular Physics, Vol. 103, No. 6-8, 20 March-20 April 2005, 719-747.

GAMESS в Интернете:
1.-.

Визуализаторы (

Zheka писал(а):

):
1. ChemCraft;
2. ViewMol3D;
3. GaussView;
4. Molden;
5. PMViewMol;
6. Mask;
7. MacMolPlt;
8. … .

Участник
Anion
Участник

Вопрос: в каких единицах указывается энергия (Energy) в выходном файле Gamess? эВ, Хартри, КДж/моль и т.п.?

Хранитель
Zheka
Хранитель
Anion писал(а):
Вопрос: в каких единицах указывается энергия (Energy) в выходном файле Gamess? эВ, Хартри, КДж/моль и т.п.?

Обычно полную энергию (Energy) удобно указывать (и поэтому её указывают) в Хартри (т.е. в атомных единицах энергии).

Участник
antonio
Участник

Тт.!
Как в PC Gamess считать профиль (или поверхность) реакции (potential energy surface)? Статьи посмотрел, там результаты хорошие уж больно, но как это делать — непонятно. Сайт с документацией (http://classic.chem.msu.su/) не работает почему-то. Что писать в inp-файле, чтобы он по определенному параметру считал (длине связи или углу)?

Участник
SeriousSem
Участник

Сайт с документацией заработал 🙂 Вот пример входного файла:

For relaxed scans, you should use the RUNTYP=rsurface, and use ifreez in $statpt and PC GAMESS-specific extensions in the $surf group. You should perform scan using internal coordinates. Below is the sample for CH3-CH3 molecule.

$CONTRL RUNTYP=rsurface NZVAR=18 COORD=ZMT mplevl=2 $END
$SYSTEM TIMLIM=500 MEMORY=30000000 $END
$BASIS  GBASIS=tzv ndfunc=1 $END
! To freeze coord # 12 during constrained optimization
$statpt opttol=1d-5 nstep=1000 IFREEZ(1)=12 $end
! To scan along coord # 12
$surf ndisp1=33 disp1=3.75 vect1(12)=1 orig1=0 $end
$DATA
CH3-CH3
C1
C
C    1 r1
h    1 r2    2 a1
h    1 r2    2 a1    3 d1
h    1 r2    2 a1    3 d2
h    2 r2    1 a1    4 dx
h    2 r2    1 a1    6 d1
h    2 r2    1 a1    6 d2

r1=1.54
r2=1.09
a1=109
d1=120
d2=-120
dx=0
$END
$ZMAT   IZMAT(1)=
         1,   2,   1,
         1,   3,   1,
         2,   3,   1,   2,
         1,   4,   1,
         2,   4,   1,   2,
         3,   4,   1,   2,   3,
         1,   5,   1,
         2,   5,   1,   2,
         3,   5,   1,   2,   3,
         1,   6,   2,
         2,   6,   2,   1,
         3,   6,   2,   1,   4,
         1,   7,   2,
         2,   7,   2,   1,
         3,   7,   2,   1,   6,
         1,   8,   2,
         2,   8,   2,   1,
         3,   8,   2,   1,   6,
$END

At the end of the output, you'll find the tables with relaxed PES curve.
ENERGY DELTA MAP(S) (W.R. TO THE LOWEST FOUND)

————————————
   ICOORD1,     |         ENERGY
    COORD1      |         DELTA
—————+———————
  1 (   0.00000)|        0.0048607787 
  2 (   3.75000)|        0.0048076271 
  3 (   7.50000)|        0.0046512997 
  4 (  11.25000)|        0.0044006116 
  5 (  15.00000)|        0.0040690494 
  6 (  18.75000)|        0.0036733200 
  7 (  22.50000)|        0.0032319901 
  8 (  26.25000)|        0.0027642359 
  9 (  30.00000)|        0.0022889516 
10 (  33.75000)|        0.0018240699 
11 (  37.50000)|        0.0013860863 
12 (  41.25000)|        0.0009897255 
13 (  45.00000)|        0.0006477219 
14 (  48.75000)|        0.0003706143 
15 (  52.50000)|        0.0001667135 
16 (  56.25000)|        0.0000419571 
17 (  60.00000)|        0.0000000000 
18 (  63.75000)|        0.0000419492 
19 (  67.50000)|        0.0001667268 
20 (  71.25000)|        0.0003706748 
21 (  75.00000)|        0.0006479067 
22 (  78.75000)|        0.0009901676 
23 (  82.50000)|        0.0013869550 
24 (  86.25000)|        0.0018255374 
25 (  90.00000)|        0.0022911254 
26 (  93.75000)|        0.0027670879 
27 (  97.50000)|        0.0032353052 
28 ( 101.25000)|        0.0036767116 
29 ( 105.00000)|        0.0040720127 
30 ( 108.75000)|        0.0044027392 
31 ( 112.50000)|        0.0046524219 
32 ( 116.25000)|        0.0048079360 
33 ( 120.00000)|        0.0048607787 

Т.о. необходимо:
1) в группе $statpt прописать сканируемую (замораживаемую) координату IFREEZ(1)=…, так как подпрограмма rsurface представляет собой ряд последовательных оптимизаций с одной замороженной координатой;
2) в группе $surf указываются следующие параметры:
ndisp1=… — общее число точек на PES;
disp1=… — шаг изменения координаты при переходе от одной точки на PES к другой (Ангстремы, градусы);
vect1(…)=1 — указывается та же координата, которую заморозили в группе $statpt. Она же является вектором смещения при движении по PES;
orig1=0 или orig1=1 — указывает программе, с какого конца PES стартовать, если orig1=0 — сканирование начнется с той координаты, которую Вы заморозили вначале.

Участник
antonio
Участник
At the end of the output, you'll find the tables with relaxed PES curve.
ENERGY DELTA MAP(S) (W.R. TO THE LOWEST FOUND)

————————————
   ICOORD1,     |         ENERGY
    COORD1      |         DELTA
—————+———————
  1 (   0.00000)|        0.0048607787
  2 (   3.75000)|        0.0048076271
  3 (   7.50000)|        0.0046512997
  4 (  11.25000)|        0.0044006116
  5 (  15.00000)|        0.0040690494
  6 (  18.75000)|        0.0036733200
  7 (  22.50000)|        0.0032319901
  8 (  26.25000)|        0.0027642359
  9 (  30.00000)|        0.0022889516
10 (  33.75000)|        0.0018240699
11 (  37.50000)|        0.0013860863
12 (  41.25000)|        0.0009897255
13 (  45.00000)|        0.0006477219
14 (  48.75000)|        0.0003706143
15 (  52.50000)|        0.0001667135
16 (  56.25000)|        0.0000419571
17 (  60.00000)|        0.0000000000
18 (  63.75000)|        0.0000419492
19 (  67.50000)|        0.0001667268
20 (  71.25000)|        0.0003706748
21 (  75.00000)|        0.0006479067
22 (  78.75000)|        0.0009901676
23 (  82.50000)|        0.0013869550
24 (  86.25000)|        0.0018255374
25 (  90.00000)|        0.0022911254
26 (  93.75000)|        0.0027670879
27 (  97.50000)|        0.0032353052
28 ( 101.25000)|        0.0036767116
29 ( 105.00000)|        0.0040720127
30 ( 108.75000)|        0.0044027392
31 ( 112.50000)|        0.0046524219
32 ( 116.25000)|        0.0048079360
33 ( 120.00000)|        0.0048607787 

Попробовал в универе. Считает минут 20 на 3м пне с 512 МБ оперативки. Пришел домой, опробовал (пень 4й 2ГГц с 256 МБ). Считает 2 минуты и выдает:

ENERGY DELTA MAP(S) (W.R. TO THE LOWEST FOUND)

————————————
   ICOORD1,     |         ENERGY
    COORD1      |         DELTA
—————+———————
  1 (   0.00000)|        5.3315090935 
  2 (   3.75000)|        5.5801255538 
  3 (   7.50000)|        5.4369296427 
  4 (  11.25000)|        5.2688268339 
  5 (  15.00000)|        5.0935055996 
  6 (  18.75000)|        4.9152352914 
  7 (  22.50000)|        4.7355155004 
  8 (  26.25000)|        4.5549717251 
  9 (  30.00000)|        4.3739151725 
10 (  33.75000)|        4.1925180253 
11 (  37.50000)|        4.0109456852 
12 (  41.25000)|        3.8291374985 
13 (  45.00000)|        3.6471958836 
14 (  48.75000)|        3.4651558153 
15 (  52.50000)|        3.2830388248 
16 (  56.25000)|        3.1008604189 
17 (  60.00000)|        2.9186321135 
18 (  63.75000)|        2.7363628137 
19 (  67.50000)|        2.5540593950 
20 (  71.25000)|        2.3717272614 
21 (  75.00000)|        2.1893707315 
22 (  78.75000)|        2.0069933197 
23 (  82.50000)|        1.8245978528 
24 (  86.25000)|        1.6421867646 
25 (  90.00000)|        1.4597618699 
26 (  93.75000)|        1.2773249110 
27 (  97.50000)|        1.0948773450 
28 ( 101.25000)|        0.9124202669 
29 ( 105.00000)|        0.7299307319 
30 ( 108.75000)|        0.5474573980 
31 ( 112.50000)|        0.3649776500 
32 ( 116.25000)|        0.1824915588 
33 ( 120.00000)|        0.0000000000 

Здесь что-то явно не так!) Может, ему оперативной памяти маловато, или еще какая беда приключилась?

Участник
antonio
Участник

Отбой тревоги, все считается нормально;)

Участник
BURF
Участник

У меня тоже вопрос по этой поверхности энергии по 2 координатам. Я заморозил 2 координаты и в входном файле такая приписка.

$surf       
        vect1(28)=1
        ndisp1=20
        disp1=0.1
        vect1(34)=2
        ndisp2=20
        disp2=0.1

И у меня почему-то координата 34 прибавляет по 0.2 ангстрема… с чем это может быть связано?

все, разобрался.

Участник
Monarch
Участник

Здраствуйте! У меня вопрос: как в Gamess с помощью ключа IFrees заморозить сразу 2 координаты?

Участник
BURF
Участник
Monarch писал(а):
Здраствуйте! У меня вопрос: как в Gamess с помощью ключа IFrees заморозить сразу 2 координаты?

просто написав их через запятую например так ifreez(1)=4,7

Участник
Olga
Участник

Здравствуйте!
Обращаюсь к вам с таким вопросом. Я пыталась поставить разложение энергии взаимодействия по методу Морокумы и Китауры (программа GAMESS, система — два ароматических кольца). Для пробных систем (димер воды и димер бензола) все более менее получается, если число базисных функций меньше 200. При увеличении числа базисных функций (больше 200) программа почему-то начинает считать не энергию взаимодействия, а энергию комплекса в целом. У меня довольно большие системы, а брать базис 3-21G смысла нет. Скажите, пожалуйста, действительно ли в GAMESS при таком расчете есть ограничение на число базисных функций или моя ошибка в чем-то другом? И если есть, то можно ли это ограничение как-то обойти?
Извините, если мой вопрос не в тему. Я первый раз на этом форуме.

С уважением,
Ольга

Участник
Ludmila
Участник

Здравствуйте, помогите пожа-а-алуйста разобраться, как работает в программе FireFly функция, которая только-только появилась, называется ISC
(InterStateCrossingminimum energy crossing point)
— поиск минимума на поверхности пересечения!
И если она работает, то можно ли найти с ее помощью точку пересечения двух кривых, описывающих перенос электрона с кластера на молекулу в газовой фазе?
Заранее благодарна, Людмила

Участник
BURF
Участник

В общем ранее для запуска PC GAMESS на 4 ядрах я использовал скрипт, подобный этому:
export P4_RSHCOMMAND=ssh
for arg in $@
        do
dos2unix $arg.dat
                mv -T $arg.dat input
                ssh -t -t $HOSTNAME /calc/g1/pcgamess -o $arg.gms /calc/g1 /calc/g2 /calc/g3 /calc/g4 -p4pg procgrp &
                tail --retry -F $arg.gms --pid=$!

Дальнейшая часть скрипта к его работе отношения не имеет и безжалостно отрезана.
Он зарекомендовал себя хорошей работой, но однажды, будучи переделан под одноядерную работу, затем был, вроде бы, возвращен к исходному виду, но работать на 4 ядрах не хочет… Структура папок не менялась. Все дело происходит под opensuse 10.3 x64. Прошу помочь с советом, но не предлагать использовать smp-gampa или что-нибудь еще хуже.

Участник
oxchem
Участник
BURF писал(а):
Дальнейшая часть скрипта к его работе отношения не имеет и безжалостно отрезана.
Он зарекомендовал себя хорошей работой, но однажды, будучи переделан под одноядерную работу, затем был, вроде бы, возвращен к исходному виду, но работать на 4 ядрах не хочет… Структура папок не менялась. Все дело происходит под opensuse 10.3 x64. Прошу помочь с советом, но не предлагать использовать smp-gampa или что-нибудь еще хуже.

Файл procgrp не испортился?

Участник
BURF
Участник
oxchem писал(а):
Файл procgrp не испортился?

Совсем испортился 🙂 Точнее его просто нет. Если не сложно, поделитесь им, пожалуйста.

Просмотр 15 сообщений - с 1 по 15 (из 17 всего)

Для ответа в этой теме необходимо авторизоваться.

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER