Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

oxchem

Просмотр 15 сообщений - с 16 по 30 (из 55 всего)
В ответ на: Linux — Системы очередей расчётных заданий
oxchem писал(а):
Рекомендую программу D&D-PCGamess (она и есть скрипт + интерфейс)

РЕкомендую крутую примочку к FireFly

BatMaker for PC GAMESS/Firefly gracefully donated by Dr. Grigoriy Zhurko is a simple tool to create batch script containing multiple PC GAMESS/Firefly jobs under Windows, intended mainly for novice users.

http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/batmaker.zip

КВГ писал(а):
Что касается программы D&D-PCGamess, которую упомянул oxchem, то погуглив я ее не нашел — ни на сайте Грановского, ни во Вселенной в целом. Но как мне кажется, одно другому не мешает: скрипты хороши своей простотой и возможностью корректирования, а солидные интерфейсные программы — набором всяких удобств.

1. Download Link: Click here to download file

http://rapidshare.com/files/162817743/d_d-pcgamess.zip.html  ;D

В ответ на: Квантовохимическая программа Orca
la421 писал(а):
Здравствуйте! Я начал разбираться с оркой, скачал версию для винды. При выводе графика орбиталей (MO…) все работает хорошо, и можно даже посмотреть молекелом 4.3. Но если я пишу в файле вывести eldens или spindens, то даже расчет не начинается. В выходном файле, после слов о том на кого мне надо сослаться в моей статье, следует надпись LEAVING ORCA. Кто-нибудь сталкивался с подобной проблемой?

Если я правильно помню, то для указанных Вами действий ORCA пытается вызвать внешнюю программу (сообщение LEAVING ORCA) , например, AIMPACK from Bader. Но не находит ёё и аварийно завершает работу.

КВГ писал(а):
Добрый день, извините, что не совсем в тему — не нашел ничего более подходящего.
Нет ли у кого-то скрипта для последовательного запуска квант.-хим. задач под Windows XP — желательно для PC Gamess (с сохранением результатов в разные папки, удалением временных файлов…)? Пользуюсь в Линукс подобным простеньким скриптом ("недовылизанным", правда) — удобная штука, а вот под винду нет.

Рекомендую программу D&D-PCGamess (она и есть скрипт + интерфейс)

В ответ на: Разные методы — разные значения
amg писал(а):
Так сложилось, что я "завязан" в своих тестах на cc-pVTZ, а в ORCA рекомендованного именно для него вспомогательного базиса не нашел. Но надеюсь, что все же можно использовать TZV_J: по крайней мере оптимизированные геометрии с этим вспомогательным базисом и автоматически генерируемым для cc-pVTZ практически идентичны (с последним несколько дольше считает).

ORCA порадовала еще и тем, что при переходе к гораздо более широкому базису время счета (СН2) увеличилось незначительно:
cc-pVTZ (для С (18s5p2d1f)->[4s3p2d1f])  65 с
TZV       (для С (11s6p)->[5s3p])               41 с

Наверное, можно использовать вот этот
cc-pVTZ/C  — Aux-basis for the cc-pVTZ orbital basis
для cc-pVTZ.

В ответ на: Разные методы — разные значения
amg писал(а):
Продолжил тестирование. На этот раз упор сделан на DFT-программы (GAMESS — для сравнения). Вот что получилось:

ORKA понравилась: много возможностей, встроенных базисов, адекватный результат. То что медленне других — возможно, я задал что-то неоптимально:
! BLYP OPT
%basis
  Basis cc_pVTZ
  Aux TZV_J
end

Не DFT-программа (GAMESS) в таких базисах, видимо, малопригоден для реальных задач, уже C6H12 — это сутки и 30 Г файл интегралов (без dirscf).

Ну и Природа — быстрее всех, несмотря на то, что ее L2 отличается в большую сторону от cc-pVTZ.
А попробовать в Природе cc-pVTZ (и любой другой неродной базис) не могу — не знаю как генерировать соответствующий AUX-базис. Пробовал подсовывать ей AUX-базисы, генерируемые deMon — результаты сильно не понравись. Может, кто знает, как в ORKA посмотреть AUX-базисы?

ORCA : выбор для базиса Dunning вспомогательный набор Ahlrichs несколько странно
имеет смысл

! RKS BLYP RI TZV TZV/J  OPT NRSCF

или

! RKS BLYP RI TZV TZV/J(-f) OPT NRSCF

можно и без NRSCF

еСли совсем затрудняетесь с выбором вспомогательного баз. наб. ,  то можно autoAux (но это не очень надёжно)

! RKS BLYP RI cc-pVTZ autoAux OPT

об aug

! RKS BLYP RI  aug-cc-pvtz aug-cc-pvtz/c OPT

В ответ на: Разные методы — разные значения
amg писал(а):
Итак, осмелюсь сделать следующий вывод: несмотря на все свои недостатки, у Природы есть своя область применения, откуда ее вряд ли кто в ближайшее время подвинет. Это большие несимметричные молекулы, для которых годится чистый DFT (из того, что я лично считал, очень хорошие результаты (ЯМР, ИК, ППЭ) получались на углеводородах и карбокатионах).

Программу ORCA Вы не планируете протестировать на тех же системах?
Авторы ORCA утверждают, что их алгоритмы RI превосходят алгоритмы Лайкова в Природе.

Zheka писал(а):
Точно, системы похоже не такие уж и маленькие, а механизмы образования этих веществ многостадийные.

Я не утверждал,  что механизм данной реакции является одностадийным. Я лишь пример приводил.

Mari-Jane писал(а):
но мне необходимо в ней разобрвться.

Вообщем мало Вам не покажется при выполнении этого комплексного (здесь не только квантовая химия, здесь ещё и хим. термодинамика, хим. кинетика) и достаточно сложного исследования.
Да, и не забудьте про компьютер помощнее. Вдруг полуэмпирика (что вероятнее всего) обломается.

Mari-Jane писал(а):
Процесс (созревание спиртовых расстворов тетраэтоксисилана с добавкой ленирующих веществ)  необходимо выяснить какие вещества будут образовываться в процессе созревания и какие из них будут более стабильны.

круто  😮 особенно "ленирующих"  :-*

Mari-Jane писал(а):
В результате, к примеру, могут образоваться вещества  состава Si2Sn2O13H10 или иSi2Sn2O13C2H14, как определить вероятность образования какой молекулы выше?
P.S. Может я на Ваш  взгяд ерунду спрашиваю 🙂 но мне необходимо в ней разобрвться.

Вот теперь становится яснее. Итак,

есть (например) две (конкурирующие) реакции

1) A+B->TS1->C
2) A+D->TS2->E,
где TS1 и TS2 — переходные состояния.
Оптимизируем (т.е. ищем ) стационарные точки A,B,TS1,C,D,TS2,E. Определяете высоты барьеров (именно они определяют вероятность протекания процесса). Может, например, оказаться, что для одной реакции барьер такой высокий, что можно пренебречь такой реакцией.
Вычисляете термодинамические функции — по ним вычисляете константы равновесия. Может, например, оказаться, что одна реакция обладает такой малой константой равновесия, что ей можно пренебречь, т.е. например, реакция идёт так быстро, но так мало, что можно пренебречь.
Вообщем, разные могуть быть ситуации. Но техника выполнения одна, а именно, 
думаем — оптимизируем — вычисляем — думаем.

Mari-Jane писал(а):
Спасибо. Я может пока не до конца понимаю :)А как тогда определить какие из молекул наиболее стабильны, если все таки речь идет о молекулах отличающихся количеством радикалов?

Если Я Вас правильно понимаю  ???, то такое сравнение является бессмысленным.

Вот, предположим, у Вас есть метан и пропан (отличаются "радикалом"), что именно (по отношению к чему — какому процессу ) рассматривается стабильность?

Mari-Jane писал(а):
Здравствуйте!Я по образованию не химик, но так случилось, что пришлось знакомится с квантово-химическими расчетами с помошью Gaussian.Возникают вопросы, на которые не всегда могу найти ответы.Есть задача, где  из большого количества вариаций молекул необходимо выбрать наиболее вероятные к существаванию.Как это правильно сделать? И еще говорят, что нельзя сравнивать энергии молекул разного состава (каркас молекулы одинаков, но разные радикалы) или конфигурации (одинаковый состав, но разное строение циклически и нет). Так ли это и почему? Может знаете, где взять литературу с ответами на эти вопросы. Буду вам очень благоларна за помощь.

Для изомеров (и конформеров) можно сравнивать их полные энергии.
Вообще, можно сравнивать энергии фигуративных точек, принадлежацих одной и той же поверхности потенциальной энергии (ППЭ), т.е., например, учесть диссоциацию молекулы или реакцию молекул.
Для основного (быть может вырожденного) состояни и возбуждённых состояний тоже можно сравнивать полные энергии.

Для разных по составу молекул сравнивать их энергии бесполезно, если, конечно, Вас не интересует процесс разделения молекулы на бесконечно удалённые друг электроны и ядра.

Ваша задача (дан набор изомеров — найти самый стабильный) решается так:

оптимизируем геометрии молекул (вообще все изомеры) — получаем локальные минимумы на ППЭ (лкальный минимум = вот теперь Ваша молекула). Сравниваем их полные энергии. Можно вычислить относительные энергии, если выбрать один из локальных минимумов за начало отсчёта.
С помощью Gaussian можно вычислить термодинамические функции (в обычном для стат. физике приближении).
Если хочется вообще всех поразить, то выполняете оптимизацию с поиском переходных состояний. Далее строите ПМЭР (путь минимальной энергии реакции) с помощью  IRC.

Т.о., получаете фрагмент ППЭ и изучаете перегруппировки молекулы.

Превосходное введение в методы моделирования можно найти в книге
Компьютерная химия. М. Е. Соловьев, М. М. Соловьев. ISBN: 5-98003-188-X.

В ответ на: Квантовохимическая программа Orca
Пользуюсь оркой. Но вот есть 1 проблема никак не могу настроть парралелизацию на core 2 duo. все время mpich  выдает ошибку. че только не пробовал. ставил на mandriva 2008.0 i586
На mandriva 2008.1 x64 на openSUSE 11.0 i586. mpich 1.2.7p1. mpich2 1.0.5 mpich 1.2.5…. ставил rpmками. компилировал из исходников. максимум че вышло это то что при использовании mpd(rsh и ssh ваще ниче не запустилось :-[) начался расчет но два ядра считали одно и тоже и в scf  процедуре вылезли два раза изменения энерги 0.000000000 а потом вывалился 1 процесс с 1 ядра и другой через несколько минут. Если у кого получилось настроть если вас не затруднить обьясните или скиньте ваш рабочий mpich с обьяснением что да как. Заранее спасибо

Я не пытался пока выполнить паралл. расчёт на орка, но для себя я очень хотел бы прояснить:

1) какими именно дистрибутивами ORCA Вы пытались воспользоваться;
2) при scf запустились именно orca_scf_mpi и пр.?
3) использовали слово ! PAL2 ?

Искренне сожалею, что не могу выложить  :'(

В ответ на: Стили в EndNote X
Asthinus писал(а):
После использования EndNote был очень сильно разочарован… Крайне неудобная программка, имхо. На мой взгляд, приятнее пользоваться утилиткой BibTex, которая входит в пакет LaTeX в реализации MikTeX.

Пруфлинк: http://www.miktex.org/

И в чём состоит это удобство.
Помню пользовался miktex'ом (правда, для чтения tex) — число диалектов tex привело к массе проблем. Это, конечно, не имеет отношения к созданию библиографии, но и удовольствия от общения с  этой ~1 гб(miktex'ом) программой у меня не возникло. Впрочем, может быть, BibTex просто жутко полезен. :-

В ответ на: M05 и M06: личные мнения
DrkChemist писал(а):
А в каких программных пакетах эти функционалы реализованы?

Это, конечно, тоже личное мнение. 😉

В GAMESS-US реализованы наборы функционалов М05 и М06.

В Gau$$ian — только M05.

В NWCHEM, Q-Chem — М05 и М06

Просмотр 15 сообщений - с 16 по 30 (из 55 всего)
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER