Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

oxchem

Просмотр 15 сообщений - с 31 по 45 (из 55 всего)
В ответ на: Single System Image (эмуляция SMP на кластере)

ПРиходилось, но только на страницах книги

OReilly.High.Performance.Linux.Clusters.With.Oscar.Rocks.openmosix.And.Mpi.Nov.2004

В ответ на: Разные методы — разные значения
Zheka писал(а):
Смотрю в сторону ORCA и базисных наборов Ahlrichs (tnx: oxchem, SeriousSem), может быть эта связка достойна будет.

Просто хотел предупредить, что расчёт частот на ORCA является численным и (потому) весьма длительным.
нО  оптимизация геометрии достаточно быстрая : известна оптимизация геометрии на low cost PC за 1 нед
Ni3(C60)3 в базисе TZVP и BP86 (RI/DF-DFT).
кроме того, после предварительной оптимизации на ORCA можно повысить уровень расчёта И  применть gau$$ian.

Итого: от задачи зависит выбор программы. нет программы для всех задач.

В ответ на: Разные методы — разные значения
Основное преимущество EM64T — это возможность использования дополнительной ОП. Для вещественной арифметики никаких особых преимуществ по скорости нет. Например, на новых 45 нм. Intel'овских процессорах можно реализовать код gaussian под IA32 так, что он будет работать быстрей, чем gaussian под EM64T.

Я ещё раз совершенно согласен с Вашим утверждением. Под архитектурой я имел ввиду также (кроме всего прочего) возможность адресации к большим объёмам RAM.  Что во многих случаях очень важно и даже лимитирует. Например, у меня 32-х разрядный gau$$ian для linux корректно работает только с 2,7gb ram из 8gb :'(.
И мои попытки перенастроить allocation memory in Linux openSUSE 10.3 (32bit) не были  :'( успешными.

  • Ответ изменён 1 год, 1 месяц назад пользователем Готтфрид.
  • Ответ изменён 1 год, 1 месяц назад пользователем Zheka.
В ответ на: Разные методы — разные значения
Zheka писал(а):
Какие конкретно параметры были заданы идентично? Обвиняя так программу нужно сразу и полные методы приводить.  :-

Полная энергия зависит от метода, а не от программы.

to Evgeniy и/или другим пользователям программы Природа:

применяет ли Программа приведение к стандартной ориетации для устранения ошибки (случайной) интегрирования при различной ориентации одной и той же молеукулы? 

В ответ на: Разные методы — разные значения
Yurii писал(а):
Посчитайте методом DFT в приличном базисе C60 (симметрия Ih) Природой, а потом сделайте аналогичный расчет gaussian'ом под Linux'ом (EM64T). И у Вас отпадет всякая охота хвалить Природу.

Совершенно с Вами согласен. Одно только жаль, что далеко не все могут ощутить преимущества 64х-разрядной архитектуры, особенно, на gau$$ian (EM64T) :'(

В ответ на: Бейдеровский анализ зарядов
Zheka писал(а):
Источник: HenkelmanGroup
ПО для анализа, умеющее обрабатывать файлы Gaussian/GAMESS: Bader Charge Analysis

Из бесплатных можно добавить AIMALL (Я не нашёл GUI) , TopMoD, InteGriTy, Extreme 94 &MORPHY (давно не обновлялось). Gau$$ian не очень подходит для этих целей. причём не только в случаях молекул со сложной электронной структурой и/или циклами. Например, для CH3OCH2CH3 G03 считает, что H-атом 4-х валентный (менял функционалы, базисы). см. ниже

****** ZERO-FLUX SURFACE  6 ETA0  -0.281080 ******

NUCLEI  7  (это терминальный Н-атом) 4 BOND POINT COORDS    -4.428665    5.712973  -0.259440

GRID OF 820 POINTS (100.0 % OF THE FULL GRID) USED

ITERATION  1    RMS ERROR  0.4881355410E-02
WARNING: RMS ERROR HAS INCREASED
ITERATION  2    RMS ERROR  0.5583459135E-02
WARNING: RMS ERROR HAS INCREASED
NEWTON STEP FAILED FOR SURFACE SHEET  6
Error termination via Lnk1e in D:G03Wl609.exe at Thu Jul 10 23:36:54 2008.

Для link609 программисты (Ciolkovsky et all) оставили достаточно управляющих параметров, менял их, но успеха не достиг. В aimall всё прошло быстро и просто.

Zheka писал(а):
Кто что думает о методах оценки распределения зарядов на атомах и о Бейдеровском анализе в частности?

Существует мнение, что заряды Bader (AIM) и Hirshfeld дают результаты  наиболее близкие к обычным химическим предсталениям.

В ответ на: Gaussian 32-bit и 8Гб

Представденный материал касается почти только программных продуктов от Microsoft. В статье указывается, что

детальное рассмотрение особенностей unix-подобных ОС выходит за рамки данного FAQ

.

OS OpenSuse x86 поддерживает 8Гб (kernel-smp c PAE-support).

SeriousSem писал(а):
Определенно нет. Вопрос скорее в том, сможет ли программа использовать 2 или 3 Гб оперативной памяти.

Имеет ли 32-разрядный Gau&&ian 03 для Linux такое ограничение?

SeriousSem писал(а):
Я советую запускать одновременно по два расчета, каждый на 2-х ядрах (заодно и эффективность использования процессора подрастет).

спасибо за совет. 😉

  • Ответ изменён 1 год, 1 месяц назад пользователем Готтфрид.
  • Ответ изменён 1 год, 1 месяц назад пользователем Zheka.
В ответ на: Рисование энергетических диаграмм

Corel Graphic Suite

В ответ на: Разные методы — разные значения
Zheka писал(а):
Так мы сейчас говорим о реализации конкретного метода (RI-DFT) в конкретной программе (Priroda)?

Нет. Мы сравниваем практическую реализацию и результаты RI-DFT в программах Природа и Орка.
Уместно также сравнить RI-DFT Природа и DFT Орка, Гамесс, Гауссиан.

Zheka писал(а):
Интересно, а чем был обусловлен выбор RI-DFT по сравнению с простым DFT в Priroda?

Единственная причина выбора RI-DFT  по срав. с обычным DFT — это ускорение.

Здесь http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceilidh.exe/gran/gamess/forum/?C34df668afbHW-6634-21+00.htm Грановский рекомендует применять Turbomole, а не Природа. Но Turbomole — платная прог., а Орка — бесплатный клон Turbomole.

В ответ на: Разные методы — разные значения
По нашим данным расчёт энергетических параметров в Priroda 6 методом PBE/3z даёт относительные значения, сравнимые с PBE/6-311+G(2d,p) (Gaussian).

Если я правильно понял, то RI-приближение в данном случае не применялось. Тогда нет ничего удивительного, что результаты близки.

В ответ на: Разные методы — разные значения
Полная энергия зависит от метода, а не от программы.

Увы, но не только от метода. Например, в статье указан пример подобной зависимости

Calculations on Open-Shell Molecules: A Beginner's Guide
Weston T. Borden, Thomas Bally
Rev. Comput. Chem. 13 (1998), 1-97.

Какие конкретно параметры были заданы идентично? Обвиняя так программу нужно сразу и полные методы приводить

Скоро напишу, так как наизусть уже не помню. Но наши впечатления от работы с программой Природа не самые благоприятные.

В ответ на: Разные методы — разные значения
расчет в программах Природа и Гамесс показывают разные значения. причем в Природе не удовлетворяют литературным данным,вплоть до обратной зависимости.

По нашему опыту результаты расчёта полной энергии прог. Природа
являются совершенно не предсказуемыми: если 3 другие прог. дают  разницу (друг от друга) по энергии 100-500 mEh (для большой системы), то у природы это может быть 5-10Eh. Все параметры расчетов при этом будут заданы идентичными.

литературным данным

С рассчитанными величинами? Или экспериментальными?

Если Вы задали вопрос: Какой программе из двух доверять?
То ответ: той, которая даёт лучшие результаты ;D.

Но лучше пояснить что и как считаете. Тогда и ответ может быть будет точнее, если Вы действительно задали вопрос, а не поделились своими впечатлениями ???

Действительно, этот эффект наиболее важен при миграции легких атомов (или ядер) — прежде всего, конечно, водорода, пример, перегруппировки формальдегида (самый изученный пример).

Раньше приводили пример, что перемещение протона в кластерах воды — туннельное явление, но позже (и не так уж давно) выяснилось, что если учесть ангармонизм колебаний, то процесс будет надбарьерным.

Вообще необходимо учитывать также надбарьерное отражение.

Химическая динамика — сложное и слишком эмпирическое дело :'(

В ответ на: Квантовохимическая программа Orca

бесплатно
Но проверено, что ORCA работает очень хорошо

В ответ на: Локализация орбиталей и CASSCF

а локализации по Pipek-Mezey или Boys ? Неужели нет примера, в котором они были бы лучше, чем естественные орбитали?

Просмотр 15 сообщений - с 31 по 45 (из 55 всего)
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER