С анимацией IRC связана небольшая проблемка. IRC считается с загрубленными параметрами, поэтому пред- и постреакционные нужно дополнительно оптимизировать. При этом чаще всего ничего не происходит (т.е. энергия и геометрия практически не меняются) но иногда дооптимизация приводит к заметной перестройке молекулы с некоторым понижением энергии. Вот в последнем случае может захотеться присоединить траекторию оптимизации к IRC-траектории. Но сама по себе траектория оптимизации для этого плохо подходит: в начале её часто бывают выбросы энергии с рывками геометрии, а в конце — длинное плато, на котором ничего не меняется. Анимация получается некрасивой.

Чтобы побороть это, в скрипт xyz добавлена опция -irc, которая превращает xyz оптимизации в IRC-подобную траекторию. Эта опция удаляет из оптимизации точки, которые выше по энергии, чем предыдущая и в которых геометрия мало меняется (задается -irc=RMS). RMS можно задавать равным шагу IRC. Полезно потом сгладить:
xyz -a -irc=1.0 -avw=5 fff.L1.O.xyz