Из бесплатных можно добавить AIMALL (Я не нашёл GUI) , TopMoD, InteGriTy, Extreme 94 &MORPHY (давно не обновлялось). Gau$$ian не очень подходит для этих целей. причём не только в случаях молекул со сложной электронной структурой и/или циклами. Например, для CH3OCH2CH3 G03 считает, что H-атом 4-х валентный (менял функционалы, базисы). см. ниже

****** ZERO-FLUX SURFACE  6 ETA0  -0.281080 ******

NUCLEI  7  (это терминальный Н-атом) 4 BOND POINT COORDS    -4.428665    5.712973  -0.259440

GRID OF 820 POINTS (100.0 % OF THE FULL GRID) USED

ITERATION  1    RMS ERROR  0.4881355410E-02
WARNING: RMS ERROR HAS INCREASED
ITERATION  2    RMS ERROR  0.5583459135E-02
WARNING: RMS ERROR HAS INCREASED
NEWTON STEP FAILED FOR SURFACE SHEET  6
Error termination via Lnk1e in D:G03Wl609.exe at Thu Jul 10 23:36:54 2008.

Для link609 программисты (Ciolkovsky et all) оставили достаточно управляющих параметров, менял их, но успеха не достиг. В aimall всё прошло быстро и просто.

Существует мнение, что заряды Bader (AIM) и Hirshfeld дают результаты  наиболее близкие к обычным химическим предсталениям.