Вы очень суровы к Gaussian'у. Я на своем компе под EM64T (процессор q9450, рейд-массив из 4-х винчестеров) обсчитываю ситстему с 3780 базисными функциями (RHF/D95V, более 400 атомов, симметрия D3D). Один цикл в SCF итер. при этом занимает в среднем около 10 мин. Если считать, что одна SCF итер. состоит в среднем из 12 циклов, то получаем вполне приемлемый результат. Вместо библиотеки Intel MKL я использую свою, что позволяет увеличить скорость счета до 30% (а для полуэмпирики и до всех 50%). Некоторые подробности можно узнать на моей странице.