Точно не знаю, но думаю вряд ли Gaussian поддерживает PAE.
И вообще, до недавнего времени я считал, что PAE лишь ОС поддерживает, расширяет доступную память. А у ПО как был максимальный объем доступной памяти (если только 2 копии процесса не запускать), так и остаётся.

Тем более, что Gaussian — малоповоротливая программа. В 32-битной версии применяют старинную схему адрессации данных в файлах, поэтому ограничение на один файл 2000 МБ. Gaussian Inc. — законченные неповоротливые буржуины-коммерсы.