Использует. Только не во всех типах расчёта, в некоторые физически ограничены не более двумя. Оптимальным можно считать как раз 4-ядра (или 2 двухядерных процессора).
На сайте Biowulf-а приведены особенности параллелизации разных методов

Трудно сказать. Для этого нужно параметры ядра подобрать, при которых будут быстрее расчёты идти.
То, что будут выкинуты ненужные драйверы освободит некоторое количество памяти ОЗУ, например 50-100 МБ, но, IMHO, это мало как повлияет на расчёт. Больше должны влиять параметры кеширования и буферизации (если расчёт сильно нагружает диск), но считается что по-умолчанию у Linux-а они выставлены оптимальным образом (исключением является RHEL 5, который 100% зависает на тяжёлых расчётах, после того как съедается вся память ОЗУ и swap-а дисковым буфером).

Процессора E6700 у нас в наличии уже нет. Есть разные компьютеры (с обвязкой примерно одного уровня) с процессорами Intel Q6600, AMD Opteron x2, Athlon x2 4200. Возможно удастся провести небольшое тестирование на машине с 2-мя 4-х процессорными Xenon.

Тестирование учитывает все эти эффекты, зачем голову забивать? 😉