Amg, запустил ваш скрипт в SuSE. Создается папка outs внутри рабочей папки, внутри нее создаются папки с названием инпут-файла, туда благополучно переносятся input-файлы и на этом все кончается. Пробовали подправить, но не заработало. Что-то с адресами?

А у меня наш скрипт, модернизированный вами, поначалу  не заработал, но его подправил автор исходного скрипта (наш аспирант-химик Юра Стулов) и теперь работает, выкладываю на вс. сл. — может, кому пригодится. Может, он поможет в корректировке вашего скрипта (нельзя ли у вас уменьшить число отслеживаемых переменных)?
Интересно, что у меня и старый скрипт прекрасно работал. Но новый лучше  :): названия стали без "inp".