Для удалённого управления нужно использовать протокол SSH (ПО со стороны Linux уже установлено),
в Windows SSH-клиент PuTTY.

Если компьютер находится в одной локальной сети с Windows-машиной, то ещё SAMBA (предоставление
доступа к файлам по windows-протоколу SMB). В данном случае при обновлении файлов это сразу будет на windows-машине отображатся (например, при открытом файле в визуализаторе).

Очередь заданий — это просто скрипт (shell script) вида:

#!/bin/sh

g03 /path_to_in/in_file1.gjf
g03 /path_to_in/in_file2.gjf
g03 /path_to_in/in_file3.gjf

Файл должен иметь права на исполнение.

PS: По заголовку не сразу понял о чём речь. Т.к. в Linux существуют различные планировщики — процессорного времени, дисковой записи и т.п. И там есть очереди всяких заданий. И между прочим, их тоже можно по всякому переключать, но IMHO, это тюнинг из области самоделкиных (чтобы дополнительные пол-процента производительности выжать, но существенно обезобразить пользовательскую работу).