По нашему опыту результаты расчёта полной энергии прог. Природа
являются совершенно не предсказуемыми: если 3 другие прог. дают  разницу (друг от друга) по энергии 100-500 mEh (для большой системы), то у природы это может быть 5-10Eh. Все параметры расчетов при этом будут заданы идентичными.

С рассчитанными величинами? Или экспериментальными?

Если Вы задали вопрос: Какой программе из двух доверять?
То ответ: той, которая даёт лучшие результаты ;D.

Но лучше пояснить что и как считаете. Тогда и ответ может быть будет точнее, если Вы действительно задали вопрос, а не поделились своими впечатлениями ???