У меня регулярно возникают задачи рисования сложной расчитанной ППЭ, причем в правильном масштабе энергий. Тоже использую InkScape.

В InkScape есть возможность соединить два прямоугольника (но не линии!) так чтобы при перемещении этого прямоугольника сделанное соединение сохранялось. К сожалению, соединение м.б. только с центром прямоугольника. Поэтому у меня каждый энергетический уровень состоит из 2-х маленьких прямоугольников по краям и одного узкого длинного посредине.

Для рисования в масштабе использую самописный скрипт, который из xyz-файлов минимумов и ПС создает инкскейповский svg-файл, в нем уже есть ось энергий (в ккал или в кДж) и набор уровней с правильным расположением во вертикали. Остается только подвинуть уровни по горизонтали, соединить их края в нужном порядке и проекции структур вставить.