Re: Создание анимации реакции
http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html. Почти всегда скрипты работают с геометриями в формате xyz.
Гигантский комплекс анимировать фактически не успел (решил его на потом оставить, не в этот раз). А пока решил сделать небольшую анимацию (и заодно поучится) как димеризуется AlMe3 и как димер обменивается алкильными группами.
Выполнил процедуры scan (где нет ПС), irc и т.п. Потом с помощью скрипта сделал reverse где нужно.
grep-ом вычистил файлы до состояния "Atomic Coordinates:" … "#"
Научился приводить файлы к виду, который понимает ChemCraft (он умеет анимировать шаги) и выводит в виде step1, step2 и т.д.
Формат файла оптимизации PRIRODA (главные ключевые слова, которые читает ChemCraft):
Priroda 6 (2006.08.20)
Geometry Optimization Step XXX:
OPTIMIZATION CONVERGED in X steps!
MOL>$molecule
Atomic Coordinates:
...
#
Geometry Optimization Step XXX:
OPTIMIZATION CONVERGED in X steps!
MOL>$molecule
Atomic Coordinates:
...
#
Первый набор координат в step вроде игнорируется (выводится в виде Initial Geometry). Только где "…" должны быть координаты xyz, остальное менять не обязательно (X), программа сама всё нумерует.
Более подробно отпишусь позже.
PS: Как бы теперь полученный файл обработать (т.е. применить smooth.pl, файл во вложении) %)