С файлом понятно. Вообще то Вы и раньше этот формат приводили, да я как то умудрился проглядеть. Интересно, а энергию туда можно запихнуть, чтобы ChemCraft ее видел?

Попробовал скачать ChemCraft и поиграться. Странно, что нативный аутпут Природы с task=scan он не распознал как сканирование, показал только шаги оптимизации геометрии. А усеченный файл, в Вашем формате — распознал. Но как сделать анимацию, не нажимая на каждой точке кнопку "Add", я так и не нашел. Кроме того, ChemCraft нормально зачитывает последовательность xyz в "моем" формате. Так что пока не обнаружится возможность делать в ChemCraft анимацию сразу всех структур, писать конвертер "моего" формата в Ваш можно, наверное, погодить — через кнопку "Add" сделать анимацию с тем же успехом можно и из xyz.

То что я называю "мой" формат (или молденовский) — это, конечно же, не мой, и устроен крайне просто.
4
Energy -56.48784740
N   0.00000000   0.00000000   0.00000000
H   0.00000000   0.00000000   1.00800000
H   0.87295400   0.00000000  -0.50400000
H  -0.87295400   0.00000000  -0.50400000
Первая строка — целое число N (количество атомов) и больше ничего
Вторая строка — для комментариев, может быть пустой. molden первое попавщееся там число воспринимает как энергию
Следующие N строк образуют таблицу из четырех колонок, тут все должно быть понятно. Пятую колонку, если она есть, molden воспринимает как заряды (умеет их показывать около каждого атома), но я использую эту колонку для хим.сдвигов.
Потом все повторяется.

В таком формате получается файл с расширением .xyz после pri2mol над природовским аутпутом (pri2mol при оптимизации геометрии выдает шаги оптимизации, а при сканировании или IRC — только оптимизированные точки). И такой формат является инпутом и/или аутпутом почти для всех моих скриптов. И его понимают, вроде бы, все известные мне квантово-химические вьюверы (и ChemCraft тоже). Еще он мне нравится за минимализм: ничего лишнего.