В input-файле
task=energy
print=+molden

grep '^mos>' file.out | sed 's/^mos>//' > file.mos
либо текстовым редактором выкусить строки, начинаюшиеся с mos>, удалить из них mos> и сохранить в file.mos

file.mos смотреть molden'ом. Быть готовым к тому, что molden надолго задумается (базисы то в Природе не слабые!)