Проведя ряд тестов (respect to Tarquinn), появилась некоторая ясность с визуализацией результатов расчетов программы ORCA:

1. Для просмотра шагов оптимизации и частот валентных колебаний лучше всего подходит Molden весрии 4.6 или его OpenGL разновидность gMolden (http://www.cmbi.kun.nl/molden/howtoget.html). Программа понимает нативный выходной файл ORCA и не требует использования конвертера orca_pltvib;

2. Для визуализации молекулярных орбиталей можно использовать вариант с *.cube — файлами формата Gaussian (для ChemCraft требуется небольшая конвертация). Для этой цели пригоден и Molekel 4.3 (http://www.cscs.ch/index.php?option=com_content&task=view&id=100&Itemid=136) при использовании конвертера orca_2mkl (более новые версии Molekel этот формат не понимают);

3. Рекомендованный в руководстве gOpenMol положительных эмоций не оставил 🙂