Валерий Владимирович Кузнецов на последнем семинаре выступил с заметкой, в которой привёл интересные данные. Оказывается при проведении расчётов в HyperChem на разных компьютерах (отличающихся в аппаратном плане) одними и теми же методами для одного и того же начального файла стабильно получаются сильно различные абсолютные значения энергетических параметров (примерно на 1-2 ккал/моль), в то время как относительные значения постоянны. Расчёты проводились для боринанов.

Было высказано ряд предположений, почему так происходит. В частности Сергей Леонидович Хурсан предположил, что кто-то в программах изменил параметры сходимости волновой функции; я предположил, что программа сама выбирает критерии приближения на основе характеристик компьютера. Вопрос пока остаётся открытым.

Тестовые задачи для тех же соединений, проведённых на различных компьютерах в PC GAMESS показали, что в этой программе независимо от компьютера получаются одинаковые данных.

Отсюда мораль:
Не используйте HyperChem! Это программа не предназначена для профессиональных расчётов!

Программа изначально была заявлена как программа для обучения основам квантово-химических расчётов, но и в плане полезности её для обучения есть большие сомнения.