Квантовохимическая программа Priroda
Автор: Дмитрий Лайков;
Условия распространения: бесплатная;
ОС: Linux, Windows (используется cygwin dll);
Основные методы расчёта: DFT, MP, CC;
Последняя известная версия: 32- и 64-битные версии с использованием MPI от 2006.08.20;
Страница загрузки: свободное распространение отсутствует.

Описание: Одна из самых быстрых и малотребовательных квантовохимических программ для DFT-расчётов.

Ссылки на статьи:
1. Laikov D.N. Fast evaluation of density functional exchange-correlation terms using the expansion
of the electron density in auxiliary basis sets. // Chem. Phys. Lett., 1997, 281, pp.151-156 (скачать).
  — ускорение, применяемое в программе Priroda для DFT-расчётов;

2. Laikov D.N., Ustynyuk Yu.A., PRIRODA-04: a quantum-chemical program suite. New possible
in the study of molecular systems with the application of parallel computing. // Russ. Chem. Bull.,
Int. Ed., 2005, V. 54, №3, pp.820-826 (скачать).

(Д.Н.Лайков, Ю.А.Устынюк. Система квантовохимических программ "ПРИРОДА-04". Новые возможности
исследования молекулярных систем с применением параллельных вычислений. // Известия академии
наук, Серия химическая, 2005, №3, 804-810.) (скачать)
  — ссылка на Priroda 4;

3. Perdew J.P., Burke K., Ernzerhof M. Generalized Gradient Approximation Made Simple. // Phys. Rev.
Lett., 1996, 77, pp.3865-3868.
  — DFT-функционал PBE;

4. Laikov D. N. PhD dissertation, Moscow State University, 2000
(Д.Н.Лайков. Развитие экономного подхода к расчету молекул методом функционала плотности, его
применение к решению сложных химических задач. Диссертация на соискание ст. к.ф.-м.н., МГУ, 2000.) (скачать)
  — ссылка на 3z (трёхэкспоненциальный базисный набор);

5. Laikov D. N. A new class of atom basis functions for accurate electronic structure calculations
of molecules. // Chemical Physics Letters 2005, 416, pp. 116-120 (скачать).
  — ссылка на новые лямбда-базисы;

6. D.N. Laikov, PRIRODA, Electronic Structure Code, Version 6, 2006.
  — ссылка на Priroda 6 (отдельной статьи не было).

Другие страницы по Priroda на нашем сайте:
1. Практикум — ПРИРОДА — Знакомство с основами расчёта на примере конформационного анализа NH2-OH.
2. Практикум — ПРИРОДА — Визуализация молекулярных орбиталей (версия 0.0.1).

Priroda в Интернете:
1. Страница СЦКП КазНЦ РАН;
2. Страница ЛИМОР НИОХ РАН.

Визуализаторы (

):
1. QCC Front-End;
2. ChemCraft;
3. Priroda Simple Viewer;
4. ViewMol3D;
5. PMViewMol.

Особенности запуска программы Priroda:
1. При работе в Windows нужно в обязательном порядку указывать путь к временным файлам.
а)Для указания текущей директории нужно установить "path=." в группе "$system".
б)Для указания постоянной директории нужно либо задать её в виде "path=/cygdrive/c/temp",
(в данном случае будет использоваться директория c:temp), либо установить переменную
окружения "TMPDIR" командой set TMPDIR="c:temp"

Назадокументированные функции:
Группы:
$integral:
Пример: $integral direct=1 rout=2 $end
direct=1 выбирает пересчёт кулоновских интегралов в методах theory=riMP2 и theory=riDFT;
routine=0 или 1 выбирает разные алгоритм расчёта двухэлектронных интегралов в методах с учётом корреляции, routine=0 по умолчанию, =1 считает немного медленнее, но лучше параллелизуется на большом числе процессоров.

Задачи (task=):
extremal — экстремальная оптимизация (после каждого шага оптимизации считается гессиан);

Методы (theory=):
…

Начальное приближение волновой функции (секция $guess):
mix=1 — неравнозначность электронов на верхней занятой молекулярной орбитали

Пояснения по входным данным:
1. В документации к ПРИРОДА-06 есть пример входного файла для сканирования, общий вид которого
fix=(fix1), (fix2), (fix3)
val(1)=x1, y1
val(4)=xN, yN
points=20

Это равнозначно value=x1,y1,z1, xN,yN,z1
Т.е. val(1) — заполнение множества параметров value, начиная с 1-го,
а val(4) — заполнение, начиная с четвёртого.

2. Визуализация орбиталей в пакете ПРИРОДА:

Во входном файле добавить "print=+vectors+molden"
Из входного файла вырезать секцию, начинающуюся на "mos>", из этой секции вырезать в начале каждой строки "mos>", сохранить в виде нового файла file.mos и смотреть с помощью визуализатора Molden. В связи с размером базисов Molden может подтормаживать.