Разные методы — разные значения | QChem.ru

Участник

13 мая 2008
в 18:48

Участник

расчет в программах Природа и Гамесс показывают разные значения. причем в Природе не удовлетворяют литературным данным,вплоть до обратной зависимости.

Хранитель

13 мая 2008
в 19:16

Zheka

Хранитель

расчет в программах Природа и Гамесс показывают разные значения

1. Разные значения чего (полная энергия соединения, изменение полной энергии в ходе реакции, энтальпия, изменение энтальпии в ходе реакции или что-то ещё)?

причем в Природе не удовлетворяют литературным данным,вплоть до обратной зависимости.

2. Что не сходится и зависимости чего?
3. Следует ли понимать, что в GAMESS все расчёты сходятся с литературными данными идеально?

PS: Просьба давать осмысленные заголовки тем сообщений. В данный момент заголовок не отражает проблемы.

Участник

13 мая 2008
в 21:32

oxchem

Участник

расчет в программах Природа и Гамесс показывают разные значения. причем в Природе не удовлетворяют литературным данным,вплоть до обратной зависимости.

По нашему опыту результаты расчёта полной энергии прог. Природа
являются совершенно не предсказуемыми: если 3 другие прог. дают разницу (друг от друга) по энергии 100-500 mEh (для большой системы), то у природы это может быть 5-10Eh. Все параметры расчетов при этом будут заданы идентичными.

литературным данным

С рассчитанными величинами? Или экспериментальными?

Если Вы задали вопрос: Какой программе из двух доверять?
То ответ: той, которая даёт лучшие результаты ;D.

Но лучше пояснить что и как считаете. Тогда и ответ может быть будет точнее, если Вы действительно задали вопрос, а не поделились своими впечатлениями ???

Хранитель

13 мая 2008
в 21:35

Zheka

Хранитель

oxchem писал(а):

По нашему опыту результаты расчёта полной энергии прог. Природа
являются совершенно не предсказуемыми: если 3 другие прог. дают разницу (друг от друга) по энергии 100-500 mEh (для большой системы), то у природы это может быть 5-10Eh. Все параметры расчетов при этом будут заданы идентичными.

Какие конкретно параметры были заданы идентично? Обвиняя так программу нужно сразу и полные методы приводить. :-

Полная энергия зависит от метода, а не от программы.

Участник

13 мая 2008
в 21:53

oxchem

Участник

Полная энергия зависит от метода, а не от программы.

Увы, но не только от метода. Например, в статье указан пример подобной зависимости

Calculations on Open-Shell Molecules: A Beginner's Guide
Weston T. Borden, Thomas Bally
Rev. Comput. Chem. 13 (1998), 1-97.

Какие конкретно параметры были заданы идентично? Обвиняя так программу нужно сразу и полные методы приводить

Скоро напишу, так как наизусть уже не помню. Но наши впечатления от работы с программой Природа не самые благоприятные.

Хранитель

13 мая 2008
в 21:57

Zheka

Хранитель

По нашим данным расчёт энергетических параметров в Priroda 6 методом PBE/3z даёт относительные значения, сравнимые с PBE/6-311+G(2d,p) (Gaussian).

Участник

13 мая 2008
в 22:12

oxchem

Участник

По нашим данным расчёт энергетических параметров в Priroda 6 методом PBE/3z даёт относительные значения, сравнимые с PBE/6-311+G(2d,p) (Gaussian).

Если я правильно понял, то RI-приближение в данном случае не применялось. Тогда нет ничего удивительного, что результаты близки.

Хранитель

13 мая 2008
в 22:26

Zheka

Хранитель

oxchem писал(а):

Если я правильно понял, то RI-приближение в данном случае не применялось. Тогда нет ничего удивительного, что результаты близки.

Так мы сейчас говорим о реализации конкретного метода (RI-DFT) в конкретной программе (Priroda)?

Интересно, а чем был обусловлен выбор RI-DFT по сравнению с простым DFT в Priroda?

Участник

15 мая 2008
в 19:31

oxchem

Участник

Zheka писал(а):

Так мы сейчас говорим о реализации конкретного метода (RI-DFT) в конкретной программе (Priroda)?

Нет. Мы сравниваем практическую реализацию и результаты RI-DFT в программах Природа и Орка.
Уместно также сравнить RI-DFT Природа и DFT Орка, Гамесс, Гауссиан.

Zheka писал(а):

Интересно, а чем был обусловлен выбор RI-DFT по сравнению с простым DFT в Priroda?

Единственная причина выбора RI-DFT по срав. с обычным DFT — это ускорение.

Здесь http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceilidh.exe/gran/gamess/forum/?C34df668afbHW-6634-21+00.htm Грановский рекомендует применять Turbomole, а не Природа. Но Turbomole — платная прог., а Орка — бесплатный клон Turbomole.

Хранитель

16 мая 2008
в 03:07

Zheka

Хранитель

oxchem писал(а):

Единственная причина выбора RI-DFT по срав. с обычным DFT — это ускорение.

IMHO, какого-то ускорения RI-DFT по сравнению с обычным DFT в Priroda нет.
Зато всяких глюков не оберёшся (в RI- методах в Природе постоянно чего-то не выводится в выходные файлы).

Зато DFT работает очень даже достойно. И по скорости, и главное, по затратам памяти.

Попробуйте сравнить DFT в Priroda с DFT/RI-DFT во всех остальных программах. И тогда тесты сразу встанут на место и будет видно, почему Природу хвалят.

oxchem писал(а):

Здесь http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceilidh.exe/gran/gamess/forum/?C34df668afbHW-6634-21+00.htm Грановский рекомендует применять Turbomole, а не Природа. Но Turbomole — платная прог., а Орка — бесплатный клон Turbomole.

Ну так он это для RI-методов рекомендует.

Участник

17 мая 2008
в 15:52

SeriousSem

Участник

Орка — бесплатный клон Turbomole

ИМХО ORCA не есть бесплатный клон Turbomole, у последнего возможностей гораздо меньше (в частности, полностью отсутствует реализация MCSCF): http://www.turbomole-gmbh.com/program-overview.html

Хранитель

19 мая 2008
в 14:47

Zheka

Хранитель

oxchem писал(а):

Скоро напишу, так как наизусть уже не помню. Но наши впечатления от работы с программой Природа не самые благоприятные.

Мы не забыли, мы ждём. 😉 ;D

Участник

20 июля 2008
в 08:49

Yurii

Участник

Zheka писал(а):

…Зато DFT работает очень даже достойно. И по скорости, и главное, по затратам памяти.

Попробуйте сравнить DFT в Priroda с DFT/RI-DFT во всех остальных программах. И тогда тесты сразу встанут на место и будет видно, почему Природу хвалят…

Посчитайте методом DFT в приличном базисе C60 (симметрия Ih) Природой, а потом сделайте аналогичный расчет gaussian'ом под Linux'ом (EM64T). И у Вас отпадет всякая охота хвалить Природу.

Участник

20 июля 2008
в 13:49

oxchem

Участник

Yurii писал(а):

Посчитайте методом DFT в приличном базисе C60 (симметрия Ih) Природой, а потом сделайте аналогичный расчет gaussian'ом под Linux'ом (EM64T). И у Вас отпадет всякая охота хвалить Природу.

Совершенно с Вами согласен. Одно только жаль, что далеко не все могут ощутить преимущества 64х-разрядной архитектуры, особенно, на gau$$ian (EM64T) :'(

Участник

20 июля 2008
в 14:01

oxchem

Участник

Zheka писал(а):

Какие конкретно параметры были заданы идентично? Обвиняя так программу нужно сразу и полные методы приводить. :-

Полная энергия зависит от метода, а не от программы.

to Evgeniy и/или другим пользователям программы Природа:

применяет ли Программа приведение к стандартной ориетации для устранения ошибки (случайной) интегрирования при различной ориентации одной и той же молеукулы?