Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

Разные методы — разные значения

Просмотр 15 сообщений - с 16 по 30 (из 37 всего)
Участник
Yurii
Участник
oxchem писал(а):
Совершенно с Вами согласен. Одно только жаль, что далеко не все могут ощутить преимущества 64х-разрядной архитектуры, особенно, на gau$$ian (EM64T)

Основное преимущество EM64T — это возможность использования дополнительной ОП. Для вещественной арифметики никаких особых преимуществ по скорости нет. Например, на новых 45 нм. Intel'овских процессорах можно реализовать код gaussian под IA32 так, что он будет работать быстрей, чем gaussian под EM64T.

Участник
oxchem
Участник
Основное преимущество EM64T — это возможность использования дополнительной ОП. Для вещественной арифметики никаких особых преимуществ по скорости нет. Например, на новых 45 нм. Intel'овских процессорах можно реализовать код gaussian под IA32 так, что он будет работать быстрей, чем gaussian под EM64T.

Я ещё раз совершенно согласен с Вашим утверждением. Под архитектурой я имел ввиду также (кроме всего прочего) возможность адресации к большим объёмам RAM.  Что во многих случаях очень важно и даже лимитирует. Например, у меня 32-х разрядный gau$$ian для linux корректно работает только с 2,7gb ram из 8gb :'(.
И мои попытки перенастроить allocation memory in Linux openSUSE 10.3 (32bit) не были  :'( успешными.

  • Ответ изменён 4 месяца, 1 неделя назад пользователем Готтфрид.
  • Ответ изменён 4 месяца, 1 неделя назад пользователем Zheka.
Хранитель
Zheka
Хранитель
Yurii писал(а):
Посчитайте методом DFT в приличном базисе C60 (симметрия Ih) Природой, а потом сделайте аналогичный расчет gaussian'ом под Linux'ом (EM64T). И у Вас отпадет всякая охота хвалить Природу.

Использование симметрии резко сокращает проводимые расчёты.
Если сравнивать, то нужно сравнивать в одинаковых условиях (PRIRODA не учитывает симметрию при оптимизации и решении колебательной задачи).
Я не буду спорить с тем, если кто-нибудь скажет, что точность в PRIRODA меньше, чем в Gaussian. Однако абсолютно все тенденции DFT в PRIRODA совпадают с DFT в Gaussian.
Фуллерены C60 один из участников UQCS считает. И на Природу в общем-то не жаловался
(но это у него лично нужно спрашивать).

PS: Лично я в большинстве случаев изучаю несимметричные комплексы. И ускорения, применяемые в PRIRODA (использование основного и вспомогательного базиса DFT), очень сильно помогают.

Хранитель
Zheka
Хранитель
oxchem писал(а):
применяет ли Программа приведение к стандартной ориетации для устранения ошибки (случайной) интегрирования при различной ориентации одной и той же молеукулы? 

Честно отвечу, не знаю 🙂
А вообще по PRIRODA много чёрных пятен, в UQCS уже и ошибки расчёта термохимии нашли, а Лайков как-то по e-Mail-у замолчал. 😉

oxchem писал(а):
Я ещё раз совершенно согласен с Вашим утверждением. Под архитектурой я имел ввиду также (кроме всего прочего) возможность адресации к большим объёмам RAM.  Что во многих случаях очень важно и даже лимитирует.

Абсолютно согласен. Причём в 32-битном гауссиане есть также ограничения в счётчиках по работе с файлами.
Один из расчётов комбинированным методом, проводимый UQCS, занимает более 100 ГБ (нужно отметить, что смысл в этом расчёте есть, т.к. изучаемая система сильно проявляет многоконфигурационный характер).

Участник
Yurii
Участник
Zheka писал(а):
Использование симметрии резко сокращает проводимые расчёты.
Если сравнивать, то нужно сравнивать в одинаковых условиях (PRIRODA не учитывает симметрию при оптимизации и решении колебательной задачи).
Я не буду спорить с тем, если кто-нибудь скажет, что точность в PRIRODA меньше, чем в Gaussian. Однако абсолютно все тенденции DFT в PRIRODA совпадают с DFT в Gaussian.
Фуллерены C60 один из участников UQCS считает. И на Природу в общем-то не жаловался
(но это у него лично нужно спрашивать).

PS: Лично я в большинстве случаев изучаю несимметричные комплексы. И ускорения, применяемые в PRIRODA (использование основного и вспомогательного базиса DFT), очень сильно помогают.

Все это напоминает историю про осетрину второй (а может и n-ой, где n>2) свежести.

Хранитель
Zheka
Хранитель
Yurii писал(а):
Все это напоминает историю про осетрину второй (а может и n-ой, где n>2) свежести.

Не знаю такой истории, осетрина PRIRODA на моих задачах работает лучше, чем буржуйская Гауссиана.

Участник
Yurii
Участник
Zheka писал(а):
Не знаю такой истории, осетрина PRIRODA на моих задачах работает лучше, чем буржуйская Гауссиана.

Пришлите расчет в хорошем базисе и входной файл для Гауссиана. Что касается осетрины, то это я про симметрию (и не только).

Хранитель
Zheka
Хранитель
Yurii писал(а):
Пришлите расчет в хорошем базисе и входной файл для Гауссиана.

Сначала предложите мне хороший базис для Zr-содержащей молекулы.
Ничего, лучше внешнего Штутгартовского ECP28xxx для Gaussiana
(хотя и ECP, и только для атома Zr) я не знаю.

PS: (накопал из архивов)
%mem=512Mb
#p opt=z-matrix pbepbe/genecp

Cp2ZrCl2 Conf.B (PBE/ECP28MHF)

0 1
  C
  C    1    1.4
  C    2    1.4    1  108.0
  C    1    1.4    2  108.0    3  -1.0
  C    4    1.4    1  108.0    2    1.0
  H    1    1.1    2  126.0    4  178.0
  H    2    1.1    3  126.0    1  177.0
  H    3    1.1    2  126.0    1  179.0
  H    4    1.1    5  126.0    1 -177.0
  H    5    1.1    4  126.0    1 -179.0
  Zr    1    2.6    2  74.0    3  65.0
  C  11    2.6    1  173.0    6    1.0
  C  12    1.4  11  74.0    1 -125.0
  C  13    1.4  12  108.0  11  -65.0
  C  12    1.4  13  108.0  14    1.0
  C  15    1.4  12  108.0  13  -1.0
  H  12    1.1  13  126.0  15 -178.0
  H  13    1.1  14  126.0  12 -177.0
  H  14    1.1  13  126.0  12 -179.0
  H  15    1.1  16  126.0  12  177.0
  H  16    1.1  15  126.0  12  179.0
  Cl  11    2.5    1  87.0    6  49.0
  Cl  11    2.5    1  88.0    6  -51.0

C  0
aug-cc-pvdz
****
Zr  0
S 3 1.0
  5.8737890  -0.8394311
  4.2872700  1.4322944
  1.4641370  0.3960967
S 1 1.0
  0.8312450  1.0
S 1 1.0
  0.3623350  1.0
S 1 1.0
  0.0793570  1.0
S 1 1.0
  0.0339200  1.0
S 1 1.0
  0.0110000  1.0
P 2 1.0
  2.8742240  -4.1490377
  2.1199010  3.8441952
P 2 1.0
  0.8513640  0.5739450
  0.4372920  0.4590635
P 1 1.0
  0.2029040  1.0
P 1 1.0
  0.0632590  1.0
P 1 1.0
  0.0225230  1.0
D 4 1.0
  2.5801370  -0.0915734
  1.8553960  0.2237318
  0.6807540  0.4769343
  0.2566910  0.5279852
D 1 1.0
  0.0894000  1.0
D 1 1.0
  0.0300000  1.0
****
Cl  0
aug-cc-pvdz
****
H  0
aug-cc-pvdz
****

Zr  0
Zr-ECP  4 28
G POTENTIAL
1
2  1.000000  0.000000
S-G POTENTIAL
2
2  7.820000 146.202289
2  3.910000  18.323348
P-G POTENTIAL
2
2  6.990000  99.859830
2  3.500000  13.655859
D-G POTENTIAL
2
2  5.440000  32.237066
2  2.660000  7.660252
F-G POTENTIAL
2
2  7.510000 -21.069954
2  3.770000  -3.113384

Участник
Yurii
Участник
Zheka писал(а):
…накопал из архивов..

А расчет?

Хранитель
Zheka
Хранитель
Yurii писал(а):
А расчет?

В PRIRODA он занимает не больше 2-х часов полностью, в Gaussian сутки (данные 2-3-х годичной давности).
Причём 3z — полноэлектронный базис тройного расшепления, cc-PVDZ — двойного (хотя aug- наверное зря).

И это самый маленький комплекс. Большие на 4-х ядрах и 4 ГБ ОЗУ по суткам-двое на Core 2 Quad оптимизируются, колебательная задача решается. Я не вижу адекватного предложения от Gaussian и GAMESS.

Смотрю в сторону ORCA и базисных наборов Ahlrichs (tnx: oxchem, SeriousSem), может быть эта связка достойна будет.

Участник
Yurii
Участник
Zheka писал(а):
В PRIRODA он занимает не больше 2-х часов полностью…

Вы мне расчет от PRIRODA пришлите.

Хранитель
Zheka
Хранитель
Yurii писал(а):
Вы мне расчет от PRIRODA пришлите.

Пришлите, пришлите, во вложении 😉
Старые файлы не сохранил, т.ч. про 2 часа можно мне верить на словах.
Во вложении уже более-менее оптимизированная молекула, можно посмотреть время 1 шага.

Участник
oxchem
Участник
Zheka писал(а):
Смотрю в сторону ORCA и базисных наборов Ahlrichs (tnx: oxchem, SeriousSem), может быть эта связка достойна будет.

Просто хотел предупредить, что расчёт частот на ORCA является численным и (потому) весьма длительным.
нО  оптимизация геометрии достаточно быстрая : известна оптимизация геометрии на low cost PC за 1 нед
Ni3(C60)3 в базисе TZVP и BP86 (RI/DF-DFT).
кроме того, после предварительной оптимизации на ORCA можно повысить уровень расчёта И  применть gau$$ian.

Итого: от задачи зависит выбор программы. нет программы для всех задач.

Участник
Yurii
Участник
Zheka писал(а):
про 2 часа можно мне верить на словах.

От конца первой итер. до конца 2-ой — 10 мин. при 410 б.ф. (см. вложение; проц. q9450, все 4 ядра загружены).
Необходимы идентичные расчеты с хронометражем времени, чтобы понять, где PRIRODA жульничает (у меня есть доступ к исходникам gaussian, поэтому мне легко это сделать).

Участник
amg
Участник
oxchem писал(а):
Итого: от задачи зависит выбор программы. нет программы для всех задач.

Золотые слова!

Я тут провел небольшое сравнение производительности Природы и GAMESS'а. Цель — поместить их в как можно более равные условия и проверить воспроизводимость. Оптимизировал геометрию синглетного СН2 в симметрии С1, DFT, функционал BLYP, базис L2 (природовский "cc-PVTZ", не поленился, переделал его для GAMESS'а; замечу, что почти такая же геометрия получается и "настоящим" cc-PVTZ). Шагов оптимизации примерно одинаково (в GAMESS'е использовал делокализованные координаты). Обычный однопроцессорный PC.

После оптимизации энергии различаются на 0.001 a.u., геометрии — практически одинаковы (1.120 ангстрем и 100.6 град.). Т.е. воспроизводимость, я считаю, имеется.

По времени: Природа 0.26 мин, GAMESS 11.7 мин (в 45 раз). При увеличении системы в 6 раз (до циклогексана тем же методом) Природа замедлилась в 30 раз (до 7.8 мин), GAMESS — в 300 (до 2 с лишним суток).

Я отдаю себе отчет, что если применять Природу не как DFT-программу (например, использовать другие методы, скажем, HF или riDFT/B3LYP), то разница в скорости будет отнюдь не такая значительная. Из других DFT-программ, кроме Природы пробовал DeMon, он по меньшей мере в несколько раз медленнее.

Итак, осмелюсь сделать следующий вывод: несмотря на все свои недостатки, у Природы есть своя область применения, откуда ее вряд ли кто в ближайшее время подвинет. Это большие несимметричные молекулы, для которых годится чистый DFT (из того, что я лично считал, очень хорошие результаты (ЯМР, ИК, ППЭ) получались на углеводородах и карбокатионах).

Просмотр 15 сообщений - с 16 по 30 (из 37 всего)

Для ответа в этой теме необходимо авторизоваться.

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER