Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

amg

Просмотр 15 сообщений - с 1 по 15 (из 31 всего)
В ответ на: Создание анимации реакции

С анимацией IRC связана небольшая проблемка. IRC считается с загрубленными параметрами, поэтому пред- и постреакционные нужно дополнительно оптимизировать. При этом чаще всего ничего не происходит (т.е. энергия и геометрия практически не меняются) но иногда дооптимизация приводит к заметной перестройке молекулы с некоторым понижением энергии. Вот в последнем случае может захотеться присоединить траекторию оптимизации к IRC-траектории. Но сама по себе траектория оптимизации для этого плохо подходит: в начале её часто бывают выбросы энергии с рывками геометрии, а в конце — длинное плато, на котором ничего не меняется. Анимация получается некрасивой.

Чтобы побороть это, в скрипт xyz добавлена опция -irc, которая превращает xyz оптимизации в IRC-подобную траекторию. Эта опция удаляет из оптимизации точки, которые выше по энергии, чем предыдущая и в которых геометрия мало меняется (задается -irc=RMS). RMS можно задавать равным шагу IRC. Полезно потом сгладить:
xyz -a -irc=1.0 -avw=5 fff.L1.O.xyz

Безотносительно к предыдущей дискусси.
Привожу формулы для обсчета экспериментальных кинетических данных (константа скорости k в с-1, температура T в Кельвинах) по уравнениям Аррениуса и Эйринга. Собственно, это те же уравнения, лишь преобразованных к виду Y = a*X +b для удобства обработки методом наименьших квадратов, чтобы не думать каждый раз, что брать за X и Y. lg — это log10 в Exel

Аррениус
lg(k) = Ea*(-52.24/T) + lg A  (Ea в кДж/моль)

Эйринг
19.143*(lg(k/T) — 10.319) = H#*(-1000/T) + S#  (H# в кДж/моль, S#  в Дж/моль/град)

В ответ на: Программы для кинетического анализа

Использовал как-то давно Kintecus. Интерфейс своеобразный (все через Exel), но умеет многое. Только для win. Бесплатная академическая лицензия.

В ответ на: Рисование энергетических диаграмм

Наконец то появилась возможность продемонстрировать, что у меня получается:
http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/hexanitrobenzene/

Заодно ссылку в предыдущем посте заменил на архив со скриптами, а также с примерами исходных *.xyz, index.html и краткой инструкцией.

В ответ на: Новости суперкомпьютинга
Zheka писал(а):
Но если подумать, то наиболее требовательные к вычислениям расчёты обычно требуют и много места для хранения промежуточных данных. И всё как обычно упирается в дисковую систему.

Но есть же задачи, которые и не упираются. Например в Природе, для оптимизации геометрии (а тем более сканирования по координате или IRC) в pure DFT диска много не нужно, в 4 Г поместится просто огромная задача, лимитировать которую будет все же процессор. Или в GAMESS HF/DFT, когда интегралов очень много, даже на одном процессоре быстрее получается перевычислять их, а не хранить на диске.

В общем, если бы Лайков портировал Природу на Теслу, я бы уже всерьез задумался о покупке.

В ответ на: Лямбда-базисы (Priroda 06)
Zheka писал(а):
Некоторое примерное качественное соответствие базисов (из статьи, где базисы заявлены):

L1 ~ cc-PVDZ, L11 ~ cc-PCVDZ
L2 ~ cc-PVTZ, L22 ~ cc-PCVTZ
L3 ~ cc-PVQZ, L33 ~ cc-PCVQZ
L4 ~ cc-PV5Z, L44 ~ cc-PCV5Z
L5 ~ cc-PV6Z, L55 ~ cc-PCV6Z

По материалам chemport.ru: L2m ~ 3z (в отличие от 3z основная часть L2m не расщеплена, в L2 есть ещё поляризационная функция f-типа)

Добавлю: Минимальный природовский базис b1 по контрактациям похож на AhlrichsVDZ (для основных, но не всех элементов)

В ответ на: Новости суперкомпьютинга

Господа! А что скажете об "ускорителях" расчетов типа Tesla? Выглядит заманчиво: вставляем в PCI Express специальную "видеокарту" за ~ $1500 — и имеем увеличение производительности раз этак в 8 на математических операциях двойной точности (как раз это и нужно).

Правда, даже я вижу подводные камни: расчет, наверное, должен отлично параллелиться (внутри этой "видеокарты" много-много ядер), помещаться в имеющиеся у нее 4 Г памяти (очевидно, хранение интегралов на диске сведет на нет все ускорение) и, главное, нужно чтобы кто-нибудь отпортировал кванто-химические программы на эту систему.

Наверное, покупать пока рано 🙂 Но перспектива заманчивая.

В ответ на: Создание анимации реакции

Сделал конвертор из xyz в усеченный гауссиановский формат.
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/xyz2scan
Пользоваться — как и большинством других скриптов, либо имя файла(ов) в качестве параметра, либо чарез stdin (в последнем случае можно организовывать конвейеры):
xyz2scan file.xyz > file.scan
reverse file.xyz | smooth | xyz2scan > file.scan

Evgeniy, а энергию в этот усеченный гауссиановский формат нельзя внедрить? А то я, например, неуютно себя чувствую, не имея  перед глазами энергетического профиля.

Заодно выкладываю программу, которую можно использовать для автоматической перенумерации. Версия из архива содержит серьезный баг и зависит от модулей для вычисления собственных чисел и векторов. Теперь в этих отношениях лучше.
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/tenzor

В ответ на: Создание анимации реакции
Zheka писал(а):
Пример файла для ChemCraft во вложении. При анимации таким способом главное неудобство в том, что придётся на каждой точке нажимать кнопку "Add". Если бы вывод был не в формате шагов оптимизации структуры, а в режиме сканирования (пока не разобрался, по каким ключевым словам ChemCraft распознаёт сканирование в файле Природы), тогда бы достаточно было нажать кнопку 1 раз.

С файлом понятно. Вообще то Вы и раньше этот формат приводили, да я как то умудрился проглядеть. Интересно, а энергию туда можно запихнуть, чтобы ChemCraft ее видел?

Попробовал скачать ChemCraft и поиграться. Странно, что нативный аутпут Природы с task=scan он не распознал как сканирование, показал только шаги оптимизации геометрии. А усеченный файл, в Вашем формате — распознал. Но как сделать анимацию, не нажимая на каждой точке кнопку "Add", я так и не нашел. Кроме того, ChemCraft нормально зачитывает последовательность xyz в "моем" формате. Так что пока не обнаружится возможность делать в ChemCraft анимацию сразу всех структур, писать конвертер "моего" формата в Ваш можно, наверное, погодить — через кнопку "Add" сделать анимацию с тем же успехом можно и из xyz.

То что я называю "мой" формат (или молденовский) — это, конечно же, не мой, и устроен крайне просто.
4
Energy -56.48784740
N   0.00000000   0.00000000   0.00000000
H   0.00000000   0.00000000   1.00800000
H   0.87295400   0.00000000  -0.50400000
H  -0.87295400   0.00000000  -0.50400000

Первая строка — целое число N (количество атомов) и больше ничего
Вторая строка — для комментариев, может быть пустой. molden первое попавщееся там число воспринимает как энергию
Следующие N строк образуют таблицу из четырех колонок, тут все должно быть понятно. Пятую колонку, если она есть, molden воспринимает как заряды (умеет их показывать около каждого атома), но я использую эту колонку для хим.сдвигов.
Потом все повторяется.

В таком формате получается файл с расширением .xyz после pri2mol над природовским аутпутом (pri2mol при оптимизации геометрии выдает шаги оптимизации, а при сканировании или IRC — только оптимизированные точки). И такой формат является инпутом и/или аутпутом почти для всех моих скриптов. И его понимают, вроде бы, все известные мне квантово-химические вьюверы (и ChemCraft тоже). Еще он мне нравится за минимализм: ничего лишнего.

В ответ на: Создание анимации реакции

Evgeniy, Ваша анимация хороша! Даже рывки геометрии почти не заметны. Это лучше, чем делает molden.

Насколько я понял, Вы изменили smooth.pl так чтобы он выдывал файл в формате, пригодном для анимации в ChemCraft? Мне пришло в голову немного другое решение. Если для ChemCraft не подходит последовательность xyz-файлов в том формате, который используется у меня, то, может лучше сделать конвертор из "моего" xyz в формат, пригодный для анимации в ChemCraft? Это было бы более универсально. Ведь обработка с помощью smooth — не всегда конечная. После могут потребоваться другие обработки, а им понадобится xyz.

Сделать такой конвертор не трудно, если выложите пример файла, пригодного для анимации в ChemCraft, то я сделаю.

В ответ на: Создание анимации реакции

Evgeniy, у меня есть много скриптов для этой цели. Их описание и архив см. у нас на сайте:
http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html. Почти всегда скрипты работают с геометриями в формате xyz.

Некоторые скрипты из архива на сайте устаревшие, и нет последовательности действий, как робить.

Вкратце, примерно так (жирным шрифтом выделены названия скриптов и программ).

Сначала получить IRC в ту и другую сторону. Потом их объединить. Для этого одну из ветвей IRC нужно сделать в обратном направлении. Для этого reverse. Если ПС симметрично, то считать IRC можно только в одну сторону. Но потом перед объединением нужно дополнительно сделать reflect и renum.

Следующий шаг — соединить вместе две реакции с общим продуктом. Проблема здесь в том, что часто наборы геометрий для разных реакций не согласованы по нумерации и ориентации. Согласовать нумерацию — renum (с помощюю tenzor -sort это можно сделать автоматически). Согласовать ориентацию — smooth, reflect (последняя — если  общие продукты не накладываются друг на друга, т.е. явл. оптическими антиподоми), иногда может помочь tenzor.

Далее — делать собственно анимацию. Я пользуюсь molden-ом, он умеет показывать последовательность геометрий в движении и на каждое изображение создавать gif.
Если нужно наложить на изображение энергетический профиль — mldn-gif.

Соединять gif-ы в анимированный gif — под линух есть замечательная программка gifsicle, под винду я раньше пользовался крякнутой Gif Movie Gear (она же умеет далать avi). И там и там можно ImageMagick (но не рекомендую для этой цели, страшно ресурсоесмкий).

Максимальное число показов — у самого анимированного gif-а есть это свойство, задается при его изготовлении. Не знаю только, воспринимает ли его PowerPoint.

Масса примеров того, что получается у меня, есть у нас на сайте http://limor1.nioch.nsc.ru/quant.html. Но наверняка имеются и другие подходы к изготовлению анимации, очень интересно узнать и посмотреть на результат.

PS Я Вам написал в личку

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА

Обнаружил, что результат расчета может зависеть от того, на скольких ядрах пускается Природа.
На рисунке изображены графики шаг оптимизации — энергия при расчете на разных количествах ядер одного и того же процессора Природой p6_64 и для сравнения на другом процессоре (Природой p6_32). Пути оптимизации в каждом случае разные, причем в одном случае задача не сошлась (p6_64 -np 4).
Картинка: http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/pritext.pdf
Инпут-файл: http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/pritext.in

Хочу однако заметить, что не все так плохо. Просто попалась нестабильная задача, при оптимизации неочевидного переходного состояния из плохого начального приближения такие попадаются. Обычно, конечно же, все нормально, результаты на разных машинах / версиях Природа если и отличаются, то  в совершенно незначащих цифрах после запятой.

Уважаемый КВГ! Предлагаю дальнейшее общение через личку, так как речь пойдет об отладке скрипта, и ее детали вряд ли интересны многим. Я Вам написал письмо.

Приведу инструкцию по установке и проверке работоспособности моего скрипта steps_win.pl на win.

1. Скачать и установить дистрибутив Perl, согласившись со всем, что предлагает установщик.
2. Создать какую-нибудь временную папку, желательно, чтобы в полном имени не было пробелов и других "нехороших" символов.
3. Поместить в эту папку скрипт.
4. Создать в ней несколько файлов любого содержания с расширением .ttt
5. Запустить cmd и перейти в эту папку.
6. Набрать и исполнить команду perl steps_win.pl -h. Прочитать.
7. Набрать и исполнить команду perl steps_win.pl -debug *.ttt. Прочитать.
Файлы с расширеним .ttt будут обрабатываться "программой", эмулирующей поведение pcgamess. Если все нормально, то в этой папке должна появиться директория outs, в которой поддиректории "расчетов"

КВГ писал(а):
А может, кто-то предложит что-нибудь получше?

Мне нравится идеология, реализованная в bath systems, о которых выше говорил qadir. Что-то подобное, в упрощенном, конечно, варианте, под linux и можно было бы сделать, но смысла не имеет — уже есть. А сделать такую систему под win, а тем более платформо-независимой — слишком сложно для меня.

Но для для расчетов на компьютере, персонального в буквальном смысле, вполне подойдет Ваша идеология.
Только вот Ваш скрипт у меня оказался нерабочим — оно и неудивительно, чтение файла в цикле и одновременно изменение этого же файла в том же цикле может приводить к ошибкам. Поэтому я этот скрипт чуток подправил, вдруг пригодится. Заодно убрал '.inp' из названий output-файлов.
http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/steps1.sh

Просмотр 15 сообщений - с 1 по 15 (из 31 всего)
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER