Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

Zheka

Просмотр 15 сообщений - с 16 по 30 (из 90 всего)
В ответ на: Создание анимации реакции
amg писал(а):
Попробовал скачать ChemCraft и поиграться. Странно, что нативный аутпут Природы с task=scan он не распознал как сканирование, показал только шаги оптимизации геометрии. А усеченный файл, в Вашем формате — распознал.

По идее изначально ChemCraft вроде затачивался на такие программы, как Gaussian, GAMESS.
Их файлы сканирования ChemCraft открывает как надо, может попробовать конвертировать в них, а потом анимировать одной кнопкой?

В предыдущий версиях ChemCraft файлы природы вообще открывались последней структурой, не было точек оптимизации.

Сейчас смотрю Gaussian-ановский файл, на каждом шаге оптимизации выводится энергия.

Формат файла оптимизции Gaussian (главные ключевые слова, которые читает ChemCraft):
Entering Gaussian System, xxx

--------------------------
#... Opt Freq
--------------------------

                          Input orientation:                         
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0       -1.028011    0.401116   -0.797487
    2          6             0       -1.743611    0.839270   -2.057499
...
---------------------------------------------------------------------

                         Standard orientation:                         
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0       -2.316480    0.765431   -0.082040
    2          6             0       -2.312348   -0.747888   -0.042794
...
---------------------------------------------------------------------

... следующий шаг ...

                          Input orientation:                         
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0       -1.028011    0.401116   -0.797487
    2          6             0       -1.743611    0.839270   -2.057499
...
---------------------------------------------------------------------

                         Standard orientation:                         
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0       -2.316480    0.765431   -0.082040
    2          6             0       -2.312348   -0.747888   -0.042794
...
---------------------------------------------------------------------

Пробелы перед строками важны!

В ответ на: Создание анимации реакции
amg писал(а):
Насколько я понял, Вы изменили smooth.pl так чтобы он выдывал файл в формате, пригодном для анимации в ChemCraft?

ChemCraft разные форматы понимает, наверное, поддерживает большее их число, чем любая другая программа. Просто я поспешил и всё вычистил из файлов, оставил только набор декартовых координат (в таком же виде их читает и QCC Front-End, только она тоже привязывается к каким-то близлежащим словам). В скрипте я подправил то, чтобы скрипт ничего другого больше не требовал и не проверял, только доходил до начала декартовых координат и считывал их.

amg писал(а):
Мне пришло в голову немного другое решение. Если для ChemCraft не подходит последовательность xyz-файлов в том формате, который используется у меня, то, может лучше сделать конвертор из "моего" xyz в формат, пригодный для анимации в ChemCraft? Это было бы более универсально. Ведь обработка с помощью smooth — не всегда конечная. После могут потребоваться другие обработки, а им понадобится xyz.

Сделать такой конвертор не трудно, если выложите пример файла, пригодного для анимации в ChemCraft, то я сделаю.

Иметь универсальный скрипт было бы хорошо. Просто я плохо ориентируюсь в формате molden, поэтому поразбирался что ждёт ChemCraft от файла, у которого в первой строке в заголовке стоит слово Priroda.

Пример файла для ChemCraft во вложении. При анимации таким способом главное неудобство в том, что придётся на каждой точке нажимать кнопку "Add". Если бы вывод был не в формате шагов оптимизации структуры, а в режиме сканирования (пока не разобрался, по каким ключевым словам ChemCraft распознаёт сканирование в файле Природы), тогда бы достаточно было нажать кнопку 1 раз.

В ответ на: Создание анимации реакции

Начал орудовать напильником в smooth.pl, прохожу 2-й шаг чтения геометрических параметров,
а потом упираюсь в вызов бинарника coord (который похоже как раз и вращает).

Ещё не хочет работать с "@coord = ;"

В итоге напильник вроде помог :-).
Кто хочет посмеяться над моим стилем правки кода, смотрите вложение =)

Первый блин комом, но заценить уже можно:

Анимация (~ 3 МБ)

В ответ на: Создание анимации реакции
amg писал(а):
Evgeniy, у меня есть много скриптов для этой цели. Их описание и архив см. у нас на сайте:
http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html. Почти всегда скрипты работают с геометриями в формате xyz.

Гигантский комплекс анимировать фактически не успел (решил его на потом оставить, не в этот раз). А пока решил сделать небольшую анимацию (и заодно поучится) как димеризуется AlMe3 и как димер обменивается алкильными группами.

Выполнил процедуры scan (где нет ПС), irc и т.п. Потом с помощью скрипта сделал reverse где нужно.
grep-ом вычистил файлы до состояния "Atomic Coordinates:" … "#"

Научился приводить файлы к виду, который понимает ChemCraft (он умеет анимировать шаги) и выводит в виде step1, step2 и т.д.

Формат файла оптимизации PRIRODA (главные ключевые слова, которые читает ChemCraft):
Priroda 6 (2006.08.20)

Geometry Optimization Step XXX:
OPTIMIZATION CONVERGED in X steps!
MOL>$molecule

Atomic Coordinates:
...
#

Geometry Optimization Step XXX:
OPTIMIZATION CONVERGED in X steps!
MOL>$molecule

Atomic Coordinates:
...
#

Первый набор координат в step вроде игнорируется (выводится в виде Initial Geometry). Только где "…" должны быть координаты xyz, остальное менять не обязательно (X), программа сама всё нумерует.

Более подробно отпишусь позже.

PS: Как бы теперь полученный файл обработать (т.е. применить smooth.pl, файл во вложении) %)

КВГ писал(а):
Спасибо, amg! Прилагаю скрипт с описанием. Уверен, что нужда в подобном скрипте имеется не у одного меня.

Прямо техническое задание на разработку  😮 ;D

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА
КВГ писал(а):
Evgeniy, не подскажете, а где берут эту Priroda? E-mail Лайкова, взятый из его статьи, не действует. Веб-сайта не нашел.

E-mail действует, просто подождать немного надо. Адрес laikov (at) physto (dot) se.
Как правило, автор программы отвечает всем.

В ответ на: Разные методы — разные значения
amg писал(а):
…базис L2 (природовский "cc-PVTZ", не поленился, переделал его для GAMESS'а; замечу, что почти такая же геометрия получается и "настоящим" cc-PVTZ).

Не могли бы вы (если можно) опубликовать базис в формате GAMESS? Думаю, многим бы пригодилось для сравнительных целей.

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА
amg писал(а):
Архив великоват для вложения, поэтому он по адресу http://limor1.nioch.nsc.ru/file/ClAlMe2.zip

Спасибо! Я как раз вчера сканированием занимался (просто интересно было дооптимизировать это соединение, поэтому с ним возился, по координате я тоже сканировал из найденых максимумов, вот только переходное состояние не искал).

Не подскажите ответ на вопросов по входным файлам:
Зачем при расчёте гессиана после всех секций приводить энергию?
...
$molecule
z-matrix
...
$end
Energy =   -784.12379607

Это как-то используется в ходе расчёта и влияет на сам расчёт?

upd.: Понял причину моих проблем с оптимизацией ClAlMe2. Просто я раньше округлял расстояния и углы в z-матрице до 3-го знака после запятой, т.к. не считал последующие цифры значимыми. Но при решении колебательной задачи в данном случае они, как оказалось, имеют значение.

В ответ на: Визуализация Prirod’ных орбиталей

Просто небольшая поправка. В документации говорится про: print=+vectors+molden

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА
amg писал(а):
ЗЫ Если нужно, могу приложить файлы с расчетами.

Если можно, то нужно 🙂 У меня так и не получилось данное соединение до конца оптимизировать (раз 20 пробовал), хотя вроде бы делал то же самое что и вы.

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА
amg писал(а):
У меня такое тоже изредка бывало, когда ППЭ довольно плоская и использовал умолчаемые параметры точности вместо тех, которые применяю обычно:
$grid accur=1e-8 $end
$optimize steps=300 tol=1e-5 $end

Я пробовал, но какого-то большого толку от этого не получал. Для больших комплексов проще пару раз переоптимизировать. А для маленьких (какой-нибудь ClAlMe2 с релятивистским PBE/L2) как ни крути, как не повышай критерии (выставлял параметры до предела, например accur=1e-12 и т.п., пробовал разные комбинации, добавлял во входной файл оптимизации гессиан и т.д. и т.п.). Так и остаётся одна мнимая частота. Но тут явно ППЭ пологая.

В Gau$$ian-е же при ужесточении критериев решения, сразу появляется и симметрия в структурах АОС, решённых DFT-методами, и пропадают мнимые частоты.

PS: Во вложении задачка для интересующихся. Удастся избавиться от мнимых частот?

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА

Продолжаю тестировать ПРИРОДУ для кластера.

I. В процедуре оптимизации (сканирования и т.п.) прироста производительности не обнаружено (а даже наоборот). Оперативная память самую малость распараллеливается (значение для первого узла, а оно самое большое, примерно одинаковое во всех вариантах, т.е. выгода невелика), а потребление дисковой памяти полностью сосредоточено на первом узле.

Задача: DFT (PBE/3z), Zr2, Al3, Cl2, C44, H79; оптимизация

1. На 2-х ядрах (1 узел)
Memory used =   107 029 KB
Memory used =    32 442 KB
  Disk  used =   811 182 KB,      14 773 456 KB written,     66 365 288 KB read
  Disk  used =        0 KB,             2 KB written,            0 KB read
Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0    30234122  366073    73.9    25761513  963746   304.6
    1    25761513  963746    76.7    30234122  366073   728.0

2. На 8-и ядрах (4 узла)
Memory used =    94 766 KB
Memory used =    25 559 KB
...
Memory used =    25 559 KB
  Disk  used =   811 201 KB,      18 497 655 KB written,     78 747 400 KB read
  Disk  used =        0 KB,             2 KB written,            0 KB read
...
  Disk  used =        0 KB,             2 KB written,            0 KB read
Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0    53269440  454057   561.2    17257456  661811   395.0
    1    11075766  482633   619.3    15052323  355237  1286.7
...
    7    11310920  482314   429.8    15300961  354899  1334.9

II. В расчёте колебательной задачи замечен 2-х кратный прирост скорости (при 4-х кратном увеличении ядер).

Задача: DFT (PBE/3z), Zr, Cl2, C10 H10; расчёт гессиана

1. На 2-х ядрах (1 узел)
Memory used =    23 345 KB
Memory used =    12 768 KB
  Disk  used =   234 324 KB,        645 398 KB written,      2 951 768 KB read
  Disk  used =        0 KB,             0 KB written,            0 KB read
Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0     2157531   17472     3.1     1520214   68422     5.9
    1     1520214   68422     8.7     2157531   17472    27.3

CPU  time =  297.93 sec =  4.97 min = 0.08 hr =   99.90%
CPU  time =  297.11 sec =  4.95 min = 0.08 hr =   99.63%
REAL time =  298.22 sec =  4.97 min = 0.08 hr
ratio     =  199.53%

2. На 8-и ядрах (4 узла)
Memory used =    23 239 KB
Memory used =    12 747 KB
...
Memory used =    12 759 KB
  Disk  used =   234 330 KB,        645 405 KB written,      2 952 143 KB read
  Disk  used =        0 KB,             0 KB written,            0 KB read
...
  Disk  used =        0 KB,             0 KB written,            0 KB read
Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0     3239874   34037    23.9      991254   35091    33.9
    1      439625   32600    33.9      670417   11288    24.9
...
    7      466563   32492    29.4      688652   11195    24.9

CPU  time =  143.69 sec =  2.39 min = 0.04 hr =   99.96%
CPU  time =  143.10 sec =  2.39 min = 0.04 hr =   99.55%
...
CPU  time =  143.11 sec =  2.39 min = 0.04 hr =   99.56%
REAL time =  143.74 sec =  2.40 min = 0.04 hr
ratio     =  796.38%

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА
SeriousSem писал(а):
Параллельная версия Priroda 8 — это здорово 🙂 У меня в этой связи вопрос: какие изменения произошли в 8-й версии в плане функциональности, производительности и т.д.?

Документации новой у меня не появилось 🙂
По внешнему виду изменились только 2 верхние строки в выходном файле и появилась возможность распараллеливания (но она была заложена уже в 6-й версии).
Т.е. ничего сказать не могу.

Из проблем 6-й версии можно назвать странноватую процедуру оптимизации (оптимизированная структура часто бывает находится где-то около настоящего минимума). Надеюсь, эта проблема устранена/будет устранена.

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА

Сравнил одну и ту же задачу (расчёт энергии методом RI-MP2/L1 для Zr,Al,Cl,C14,H22), на:

1) 2-х ядрах (один узел, shared-memory) + использование временных файлов; Memory used =   321 486 KB
Memory used =   296 686 KB
  Disk  used =  1 359 076 KB,       5 615 611 KB written,     61 805 158 KB read
  Disk  used =  1 174 988 KB,       5 602 120 KB written,     63 477 093 KB read

Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0     6502965   20443    14.8     6331083   23370   183.3
    1     6331083   23370    12.5     6502965   20443    62.6

CPU  time = 2170.81 sec = 36.18 min = 0.60 hr =   50.01%
CPU  time = 2166.63 sec = 36.11 min = 0.60 hr =   49.92%
REAL time = 4340.58 sec = 72.34 min = 1.21 hr
ratio     =   99.93%

2) 8-и ядрах (4 узла, mpich) + direct scf + использование временных файлов; Memory used =   104 084 KB
Memory used =    96 803 KB
...
Memory used =    96 803 KB
  Disk  used =   340 973 KB,       1 660 024 KB written,      3 753 728 KB read
  Disk  used =   154 254 KB,       1 252 573 KB written,      2 564 625 KB read
...
  Disk  used =   151 303 KB,       1 262 203 KB written,      2 708 858 KB read

Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0     6520597   19913    90.2     6533594   18073   181.1
    1     5934661   14291   338.0     6865495   16598   114.7
...
    7     5934752   14257   308.7     6865571   16567   113.9

CPU  time = 5097.08 sec = 84.95 min = 1.42 hr =   98.30%
CPU  time = 5085.72 sec = 84.76 min = 1.41 hr =   98.09%
...
CPU  time = 5089.17 sec = 84.82 min = 1.41 hr =   98.15%
REAL time = 5184.97 sec = 86.42 min = 1.44 hr
ratio     =  786.30%

3) 8-и ядрах (4 узла, mpich) + временные файлы хранились в оперативной памяти узлов кластера; Memory used =   102 808 KB
Memory used =    95 527 KB
...
Memory used =    95 527 KB
  Disk  used =   507 944 KB,       1 727 872 KB written,     18 299 528 KB read
  Disk  used =   300 528 KB,       1 322 012 KB written,     14 799 208 KB read
...
  Disk  used =   298 637 KB,       1 338 523 KB written,     15 600 260 KB read
Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0     6286869   16099    67.7     6534622   16905   102.3
    1     5950730   13993   133.4     6646807   13654    67.2
...
    7     5950447   13989   111.3     6646509   13653    67.1

CPU  time =  742.32 sec = 12.37 min = 0.21 hr =   99.93%
CPU  time =  742.57 sec = 12.38 min = 0.21 hr =   99.96%
CPU  time =  742.96 sec = 12.38 min = 0.21 hr =  100.02%
...
CPU  time =  742.64 sec = 12.38 min = 0.21 hr =   99.97%
REAL time =  742.83 sec = 12.38 min = 0.21 hr
ratio     =  799.80%

4) 8-и ядрах (4 узла, mpich) + direct scf + временные файлы хранились в оперативной памяти узлов кластера; Memory used =   104 084 KB
Memory used =    96 803 KB
...
Memory used =    96 803 KB
  Disk  used =   340 973 KB,       1 660 024 KB written,      3 753 728 KB read
  Disk  used =   154 254 KB,       1 252 573 KB written,      2 564 625 KB read
...
  Disk  used =   151 303 KB,       1 262 203 KB written,      2 708 858 KB read
Message passing statistics:
node     sent KB   # msg    time          received      time
    0     6520597   19913    81.2     6533594   18073   111.8
    1     5934661   14291   326.9     6865495   16598    85.4
...
    7     5934752   14257   292.7     6865571   16567    78.3

CPU  time = 4951.15 sec = 82.52 min = 1.38 hr =   99.96%
CPU  time = 4952.22 sec = 82.54 min = 1.38 hr =   99.98%
...
CPU  time = 4953.41 sec = 82.56 min = 1.38 hr =  100.01%
REAL time = 4953.09 sec = 82.55 min = 1.38 hr
ratio     =  799.88%

В итоге время расчёта во втором случае даже малость увеличилось. Зато потребляемая память размазалась равномерно по всем узлам. В третьем случае (когда всё хранилось в ОЗУ, т.к. распределение задач на много узлов позволило уместить временные данные в ОЗУ) расчёт ускорился в 6 раз. В 4-м случае (при использовании direct scf) скорость опять падает, польза только от распределения памяти (возможности проведения расчётов, требующих большой объём ОЗУ). При включении direct scf потребляемая дисковая память уменьшилась в 2 раза.

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА
DrkChemist писал(а):
А где такое чудо можно взять?

Я написал на e-mail Лайкову Д.Н. просьбу скомпилировать ПРИРОДУ под кластер AMD64/Linux/mpich(myrinet). Он быстро откликнулся и всё сделал, за что ему большое спасибо.

Просмотр 15 сообщений - с 16 по 30 (из 90 всего)
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER