Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

Zheka

Просмотр 15 сообщений - с 46 по 60 (из 90 всего)
В ответ на: Разные методы — разные значения
Yurii писал(а):
А расчет?

В PRIRODA он занимает не больше 2-х часов полностью, в Gaussian сутки (данные 2-3-х годичной давности).
Причём 3z — полноэлектронный базис тройного расшепления, cc-PVDZ — двойного (хотя aug- наверное зря).

И это самый маленький комплекс. Большие на 4-х ядрах и 4 ГБ ОЗУ по суткам-двое на Core 2 Quad оптимизируются, колебательная задача решается. Я не вижу адекватного предложения от Gaussian и GAMESS.

Смотрю в сторону ORCA и базисных наборов Ahlrichs (tnx: oxchem, SeriousSem), может быть эта связка достойна будет.

В ответ на: Разные методы — разные значения
Yurii писал(а):
Пришлите расчет в хорошем базисе и входной файл для Гауссиана.

Сначала предложите мне хороший базис для Zr-содержащей молекулы.
Ничего, лучше внешнего Штутгартовского ECP28xxx для Gaussiana
(хотя и ECP, и только для атома Zr) я не знаю.

PS: (накопал из архивов)
%mem=512Mb
#p opt=z-matrix pbepbe/genecp

Cp2ZrCl2 Conf.B (PBE/ECP28MHF)

0 1
  C
  C    1    1.4
  C    2    1.4    1  108.0
  C    1    1.4    2  108.0    3  -1.0
  C    4    1.4    1  108.0    2    1.0
  H    1    1.1    2  126.0    4  178.0
  H    2    1.1    3  126.0    1  177.0
  H    3    1.1    2  126.0    1  179.0
  H    4    1.1    5  126.0    1 -177.0
  H    5    1.1    4  126.0    1 -179.0
  Zr    1    2.6    2  74.0    3  65.0
  C  11    2.6    1  173.0    6    1.0
  C  12    1.4  11  74.0    1 -125.0
  C  13    1.4  12  108.0  11  -65.0
  C  12    1.4  13  108.0  14    1.0
  C  15    1.4  12  108.0  13  -1.0
  H  12    1.1  13  126.0  15 -178.0
  H  13    1.1  14  126.0  12 -177.0
  H  14    1.1  13  126.0  12 -179.0
  H  15    1.1  16  126.0  12  177.0
  H  16    1.1  15  126.0  12  179.0
  Cl  11    2.5    1  87.0    6  49.0
  Cl  11    2.5    1  88.0    6  -51.0

C  0
aug-cc-pvdz
****
Zr  0
S 3 1.0
  5.8737890  -0.8394311
  4.2872700  1.4322944
  1.4641370  0.3960967
S 1 1.0
  0.8312450  1.0
S 1 1.0
  0.3623350  1.0
S 1 1.0
  0.0793570  1.0
S 1 1.0
  0.0339200  1.0
S 1 1.0
  0.0110000  1.0
P 2 1.0
  2.8742240  -4.1490377
  2.1199010  3.8441952
P 2 1.0
  0.8513640  0.5739450
  0.4372920  0.4590635
P 1 1.0
  0.2029040  1.0
P 1 1.0
  0.0632590  1.0
P 1 1.0
  0.0225230  1.0
D 4 1.0
  2.5801370  -0.0915734
  1.8553960  0.2237318
  0.6807540  0.4769343
  0.2566910  0.5279852
D 1 1.0
  0.0894000  1.0
D 1 1.0
  0.0300000  1.0
****
Cl  0
aug-cc-pvdz
****
H  0
aug-cc-pvdz
****

Zr  0
Zr-ECP  4 28
G POTENTIAL
1
2  1.000000  0.000000
S-G POTENTIAL
2
2  7.820000 146.202289
2  3.910000  18.323348
P-G POTENTIAL
2
2  6.990000  99.859830
2  3.500000  13.655859
D-G POTENTIAL
2
2  5.440000  32.237066
2  2.660000  7.660252
F-G POTENTIAL
2
2  7.510000 -21.069954
2  3.770000  -3.113384

В ответ на: Разные методы — разные значения
Yurii писал(а):
Все это напоминает историю про осетрину второй (а может и n-ой, где n>2) свежести.

Не знаю такой истории, осетрина PRIRODA на моих задачах работает лучше, чем буржуйская Гауссиана.

В ответ на: Разные методы — разные значения
oxchem писал(а):
применяет ли Программа приведение к стандартной ориетации для устранения ошибки (случайной) интегрирования при различной ориентации одной и той же молеукулы? 

Честно отвечу, не знаю 🙂
А вообще по PRIRODA много чёрных пятен, в UQCS уже и ошибки расчёта термохимии нашли, а Лайков как-то по e-Mail-у замолчал. 😉

oxchem писал(а):
Я ещё раз совершенно согласен с Вашим утверждением. Под архитектурой я имел ввиду также (кроме всего прочего) возможность адресации к большим объёмам RAM.  Что во многих случаях очень важно и даже лимитирует.

Абсолютно согласен. Причём в 32-битном гауссиане есть также ограничения в счётчиках по работе с файлами.
Один из расчётов комбинированным методом, проводимый UQCS, занимает более 100 ГБ (нужно отметить, что смысл в этом расчёте есть, т.к. изучаемая система сильно проявляет многоконфигурационный характер).

В ответ на: Разные методы — разные значения
Yurii писал(а):
Посчитайте методом DFT в приличном базисе C60 (симметрия Ih) Природой, а потом сделайте аналогичный расчет gaussian'ом под Linux'ом (EM64T). И у Вас отпадет всякая охота хвалить Природу.

Использование симметрии резко сокращает проводимые расчёты.
Если сравнивать, то нужно сравнивать в одинаковых условиях (PRIRODA не учитывает симметрию при оптимизации и решении колебательной задачи).
Я не буду спорить с тем, если кто-нибудь скажет, что точность в PRIRODA меньше, чем в Gaussian. Однако абсолютно все тенденции DFT в PRIRODA совпадают с DFT в Gaussian.
Фуллерены C60 один из участников UQCS считает. И на Природу в общем-то не жаловался
(но это у него лично нужно спрашивать).

PS: Лично я в большинстве случаев изучаю несимметричные комплексы. И ускорения, применяемые в PRIRODA (использование основного и вспомогательного базиса DFT), очень сильно помогают.

Anion писал(а):
Вопрос: в каких единицах указывается энергия (Energy) в выходном файле Gamess? эВ, Хартри, КДж/моль и т.п.?

Обычно полную энергию (Energy) удобно указывать (и поэтому её указывают) в Хартри (т.е. в атомных единицах энергии).

qadir писал(а):
но даже и на одной машине наверое будет удобно ставить задачи в очередь.

Не знаю, это скорее, когда на машине много людей работают.
Обычно один расчёт продолжение другого, а если нет, так всегда можно скрипт составить и запустить.
А все эти системы лишь усложняют работу.

В ответ на: Gaussian 32-bit и 8Гб
oxchem писал(а):
OS OpenSuse x86 поддерживает 8 Гб (kernel-smp c PAE-support).

И 32-разрядный Windows Server <сколько-то> тоже поддерживает. Другое дело, что ни одна отдельная программа в 32-разрядном режиме всю эту память не увидит. Просто будет много памяти для нескольких программ.

oxchem писал(а):
Имеет ли 32-разрядный Gau&&ian 03 для Linux такое ограничение?

Разницы нет, что для Windows, что для Linux. Внутренний код программы сильно завязан на железо
(даже сильнее, чем на ОС).

Помимо аппаратных ограничений, 32-битный гауссиан имеет ещё и "бородатые ограничения" (связанные с недоработкой исходного кода), когда в коде используются какие-то короткие указатели для адресации дисковой памяти.

  • Ответ изменён 1 месяц, 2 недели назад пользователем Готтфрид.
  • Ответ изменён 1 месяц, 1 неделя назад пользователем Zheka.

Для удалённого управления нужно использовать протокол SSH (ПО со стороны Linux уже установлено),
в Windows SSH-клиент PuTTY.

Если компьютер находится в одной локальной сети с Windows-машиной, то ещё SAMBA (предоставление
доступа к файлам по windows-протоколу SMB). В данном случае при обновлении файлов это сразу будет на windows-машине отображатся (например, при открытом файле в визуализаторе).

Очередь заданий — это просто скрипт (shell script) вида:

#!/bin/sh

g03 /path_to_in/in_file1.gjf
g03 /path_to_in/in_file2.gjf
g03 /path_to_in/in_file3.gjf

Файл должен иметь права на исполнение.

PS: По заголовку не сразу понял о чём речь. Т.к. в Linux существуют различные планировщики — процессорного времени, дисковой записи и т.п. И там есть очереди всяких заданий. И между прочим, их тоже можно по всякому переключать, но IMHO, это тюнинг из области самоделкиных (чтобы дополнительные пол-процента производительности выжать, но существенно обезобразить пользовательскую работу).

В ответ на: Рисование энергетических диаграмм

Марат сказал, что для рисования диаграмм использует Gnu Plot и рисует с
помощью команд. Мне это понравилось, т.к. в данном случае получается именно то,
что хочет человек, а не то, что заложено в автоматике программы.

А графические редакторы для рисования диаграмм, IMHO, это очень долго.

Сегодня в Интернете обуликована OpenSuSe Linux 11.

На сайте заработала регистрация.

В ответ на: Изготовление плакатов

Плакаты (posters) используются в стендовых докладах конференций =)
Интересно было бы услышать как SeriousSem их делает 😉

Кто-нибудь собирается поехать на эту конференцию?

Я тезисы отправил, но по времени никак не выходит съездить, поэтому был бы благодарен,
если бы кто-нибудь, кто едет, взял бы несколько листочков с собой и проследил наличие
опубликованных тезисов.

qadir писал(а):
8.04, а дата выхода — март 2008 — это как?

Значит апрель  😉 Fixed.

Просмотр 15 сообщений - с 46 по 60 (из 90 всего)
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER