Внимание!

Мы используем cookie для сохранения в вашем браузере информации о ваших предыдущих посещениях. Это необходимо для более удобной работы с сайтом.
Если Вы с этим не согласны, вы можете отключить использование cookie в настройках браузера.
Принять

SeriousSem

Просмотр 15 сообщений - с 1 по 15 (из 33 всего)

to frozen: Хорошо бы не только файл прикрепить, но и оформить сообщение должным образом: ключевые даты, тематика конференции, оплата оргвзноса и прочее.

В ответ на: Для Самоделкиных — Beowulf своими руками

Авторы отмечают, что охлаждение у такой конструкции замечательное 🙂 Мне понравилось!

В ответ на: DFT с дисперсионной коррекцией

Stefan Grimme рекомендует использовать B97-D для таких целей. Ни в одной из доступных мне программ реализации B97-D я не нашел, однако в программе ORCA существует возможность использовать "Empirical Van der Waals Correction".

Вот выдержка из мануала:

6.1.7  DFT  Calculations with Empirical Van der Waals Correction It is well known that DFT does not include dispersion forces. It is possible to  use  a  simple  semi-empirical correction to account for the major parts  of  this  contribution  to  the  energy  – again, due to Stefan Grimme.  11 We have adopted precisely his code and method in this ORCA version.  The  method  is parameterized for the BLYP, BP86, PBE, TPSS, B3LYP  and  B2PLYP functionals. 12 The empirical correction is invoked by the keyword ! VDW.

! PBE VDW TZVPP VeryTightSCF Opt TightOpt Grid6
* xyz 
Li 0 0 0
Li 0 0 2.7
*
 
This  job  gives 274.3 pm without and 269.2 pm with the VDW correction compared  to  the  reference  value  of  267.0 pm. Thus, the empirical correction  is quite successful and Grimme’s calibration work suggests that  this  is  more  generally  true.  However,  his  favorite  B97-D functional  is  not  yet  available  in  ORCA.  Nevertheless, for many systems  like stacked DNA basepairs, hydrogen bond complexes and other weak  interactions  the empirical van der Waals correction may improve substantially  over  the  results  of standard GGA type functionals at essentially no extra cost.

Да, действительно — спасибо!

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА

Параллельная версия Priroda 8 — это здорово 🙂 У меня в этой связи вопрос: какие изменения произошли в 8-й версии в плане функциональности, производительности и т.д.?

В ответ на: Кв.хим. программа GAMESS и основанные на ней

Сайт с документацией заработал 🙂 Вот пример входного файла:

For relaxed scans, you should use the RUNTYP=rsurface, and use ifreez in $statpt and PC GAMESS-specific extensions in the $surf group. You should perform scan using internal coordinates. Below is the sample for CH3-CH3 molecule.

$CONTRL RUNTYP=rsurface NZVAR=18 COORD=ZMT mplevl=2 $END
$SYSTEM TIMLIM=500 MEMORY=30000000 $END
$BASIS  GBASIS=tzv ndfunc=1 $END
! To freeze coord # 12 during constrained optimization
$statpt opttol=1d-5 nstep=1000 IFREEZ(1)=12 $end
! To scan along coord # 12
$surf ndisp1=33 disp1=3.75 vect1(12)=1 orig1=0 $end
$DATA
CH3-CH3
C1
C
C    1 r1
h    1 r2    2 a1
h    1 r2    2 a1    3 d1
h    1 r2    2 a1    3 d2
h    2 r2    1 a1    4 dx
h    2 r2    1 a1    6 d1
h    2 r2    1 a1    6 d2

r1=1.54
r2=1.09
a1=109
d1=120
d2=-120
dx=0
$END
$ZMAT   IZMAT(1)=
         1,   2,   1,
         1,   3,   1,
         2,   3,   1,   2,
         1,   4,   1,
         2,   4,   1,   2,
         3,   4,   1,   2,   3,
         1,   5,   1,
         2,   5,   1,   2,
         3,   5,   1,   2,   3,
         1,   6,   2,
         2,   6,   2,   1,
         3,   6,   2,   1,   4,
         1,   7,   2,
         2,   7,   2,   1,
         3,   7,   2,   1,   6,
         1,   8,   2,
         2,   8,   2,   1,
         3,   8,   2,   1,   6,
$END

At the end of the output, you'll find the tables with relaxed PES curve.
ENERGY DELTA MAP(S) (W.R. TO THE LOWEST FOUND)

————————————
   ICOORD1,     |         ENERGY
    COORD1      |         DELTA
—————+———————
  1 (   0.00000)|        0.0048607787 
  2 (   3.75000)|        0.0048076271 
  3 (   7.50000)|        0.0046512997 
  4 (  11.25000)|        0.0044006116 
  5 (  15.00000)|        0.0040690494 
  6 (  18.75000)|        0.0036733200 
  7 (  22.50000)|        0.0032319901 
  8 (  26.25000)|        0.0027642359 
  9 (  30.00000)|        0.0022889516 
10 (  33.75000)|        0.0018240699 
11 (  37.50000)|        0.0013860863 
12 (  41.25000)|        0.0009897255 
13 (  45.00000)|        0.0006477219 
14 (  48.75000)|        0.0003706143 
15 (  52.50000)|        0.0001667135 
16 (  56.25000)|        0.0000419571 
17 (  60.00000)|        0.0000000000 
18 (  63.75000)|        0.0000419492 
19 (  67.50000)|        0.0001667268 
20 (  71.25000)|        0.0003706748 
21 (  75.00000)|        0.0006479067 
22 (  78.75000)|        0.0009901676 
23 (  82.50000)|        0.0013869550 
24 (  86.25000)|        0.0018255374 
25 (  90.00000)|        0.0022911254 
26 (  93.75000)|        0.0027670879 
27 (  97.50000)|        0.0032353052 
28 ( 101.25000)|        0.0036767116 
29 ( 105.00000)|        0.0040720127 
30 ( 108.75000)|        0.0044027392 
31 ( 112.50000)|        0.0046524219 
32 ( 116.25000)|        0.0048079360 
33 ( 120.00000)|        0.0048607787 

Т.о. необходимо:
1) в группе $statpt прописать сканируемую (замораживаемую) координату IFREEZ(1)=…, так как подпрограмма rsurface представляет собой ряд последовательных оптимизаций с одной замороженной координатой;
2) в группе $surf указываются следующие параметры:
ndisp1=… — общее число точек на PES;
disp1=… — шаг изменения координаты при переходе от одной точки на PES к другой (Ангстремы, градусы);
vect1(…)=1 — указывается та же координата, которую заморозили в группе $statpt. Она же является вектором смещения при движении по PES;
orig1=0 или orig1=1 — указывает программе, с какого конца PES стартовать, если orig1=0 — сканирование начнется с той координаты, которую Вы заморозили вначале.

В ответ на: Квантовохимическая программа Orca
Мне не надо распаралеливать на 8 ядер через сеть. просто на 2 ядра core duo 2 процессора

Собственно о том и речь, сетевой протокол (ssh или rsh) используется независимо от того, два ли это ядра (или больше) у одного процессора или несколько компьютеров в одной сети.

Профайл — это который лежит в домашнем каталоге, например /home/user/.profile , его и надо редактировать.

что значит эта строчка export PATH=$PATH:$ORCA

Этой строкой экспортируется путь к каталогу с ORCA, чтобы при запуске расчета управляющйе файл знал, где ему брать бинарники для запуска очередной процедуры.

О настройке ssh информация есть здесь (см. соотв. ссылки):

http://hp.parallel.ru/parBB/viewtopic.php?f=3&t=96

В ответ на: Конф. по матем. и квант. химии, 2008

Требования к устному докладу: максимальная длительность — 15 минут, формат презентации — PowerPoint или PDF, горизонтальная (альбомная) ориентация слайдов, при возможности старайтесь не использовать эффекты анимации. Крайне желательной является высокая контрастность слайдов, рекомендуем использовать светлый (лучше — белый) фон и черный цвет для отображения важной информации (химических формул, табличных данных, кривых на графиках). Помните, что использование мультимедийного проектора в незатемненных помещениях приводит к серьезному “выцветанию” картинки, что может ухудшить восприятие результатов Вашей работы.

Требования к стендовому докладу: максимально допустимый размер соответствует формату А1 (макс. ширина 84 см, высота 59.4 см). Стенд следует оформлять в альбомной (горизонтальной) ориентации.

В ответ на: Квантовохимическая программа Orca

У нас в лаборатории орка распараллелена через mpich 1.2.7p1 на восемь ядер, поэтому советую использовать именно эту сборку. Вся документация к ней лежит здесь:

http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/docs/mpichman-chp4mpd/node103.htm#Node103

Скорее всего, у Вас проблема с ssh или rsh — протоколами и, следовательно, запущенные процессы не могут общаться друг с другом. Вариантов здесь два — или разрешить в брандмауэре rsh протокол (если компьютер смотрит во внешнюю сеть, то лучше этого не делать) или настроить символическую ссылку rsh=ssh. Для этого в профайл надо внести строку

export P4_RSHCOMMAND=ssh

Ну, и не забываем в профайле прописать пути:

export PATH=$PATH:/opt/mpich-1.2.7p1/bin
export ORCA=$qchemroot/orca_amd64_exe
export PATH=$PATH:$ORCA

где qchemroot — абсолютный путь к ORCA

В ответ на: Конф. по матем. и квант. химии, 2008

Информация о размещении иногородних участников конференции:
1. Профилакторий БашГУ – 3-х или 4-х местные номера, стоимость проживания в сутки составляет 250 руб/чел.
2. Гостиница «Агидель» — 1 местный номер – 1100 руб (в номере нет душа), 1 местный номер с удобствами — 3800 руб.

Как до нас добраться:
Из аэропорта – автобусами № 101, 110, 180 до остановки Гостиный двор, далее необходимо перейти на противоположную сторону улицы и сесть на любой автобус, который едет до Телецентра (№ 226, 249, 266, 75, 255) и доехать до остановки БГУ (ул.Фрунзе, 32).
С ж/д вокзала – автобусами № 1, 13, 277 до остановки Дом актеров, далее необходимо перейти на противоположную сторону улицы и сесть на любой автобус который едет до Телецентра (№ 226, 249, 266, 75, 255) и доехать до остановки БГУ (ул.Фрунзе, 32).
С Северного автовокзала — автобусом 216 до остановки Гостиный двор, далее необходимо перейти на противоположную сторону улицы и сесть на любой автобус, который едет до Телецентра (№ 226, 249, 266, 75, 255) и доехать до остановки БГУ (ул.Фрунзе, 32).
С Южного автовокзала — автобусом 101 до остановки Гостиный двор, далее необходимо перейти на противоположную сторону улицы и сесть на любой автобус, который едет до Телецентра (№ 226, 249, 266, 75, 255) и доехать до остановки БГУ (ул.Фрунзе, 32).

Такси в Уфе: http://www.kp.ru/daily/24037.4/96803/

В ответ на: Конф. по матем. и квант. химии, 2008

Исправлена ошибка, связанная с невозможностью оплаты организационного взноса по указанным ранее реквизитам. Правильные реквизиты выглядят так:

ГОУ ВПО Башкирский государственный университет
450074 г. Уфа, ул. Фрунзе, 32
ИНН 0274011237 КПП 027401001
лс 06073279270 в УФК по Республике Башкортостан
Рс 40503810600001000121 в ГРКЦ НБ РБ г. Уфа
БИК 048073001 ОКПО 02069444
КБК 073 302 01010 01 0000 130 п. 1.3.6.
В графе назначение платежа просим указать — оргвзнос за участие во «Всероссийской молодежной конференции по математической и квантовой химии», Ф.И.О. участника.

Лица, ответственные за данные безобразия, просят извинения за причиненные неудобства.

В ответ на: Квантовохимическая программа Gaussian

to Юлия

Моя позиция такова: форум UQCS — неудачное место для обсуждения вопросов "где достать", тем более когда речь идет о такой проприетарщине, как Gau$$ian. Поэтому для сохранения репутации форума посты, содержащие подобные вопросы для коммерческих программ, будут нещадно модерироваться.

В ответ на: Квантовохимическая программа Gaussian

Контора, занимающаяся продажей Gaussian:

http://www.gaussian.com/sagent.htm#russia
http://www.kintech.ru/

Других вариантов по приобретеию лицензионного Гауссиана, к сожалению, нет.

В ответ на: Квантовохимическая программа ПРИРОДА

$guess mix=1 (т.е. указание на неравнозначность 2-х электронов ВЗМО) в Priroda: в группе $guess выставляется параметр mix=1. Данный прием полезен при расчете систем с синглетной открытой оболочкой (например, синглетных бирадикалов)

В ответ на: Конф. по матем. и квант. химии, 2008

Продлен срок регистрации и приема тезисов докладов до 20 августа 2008 года.

Просмотр 15 сообщений - с 1 по 15 (из 33 всего)
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
abcdefghijklmnopqrstuvwxyz абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщьыъэюя
Сменить аватар
Секретный вопрос
<%= q %>
Наложить бан
Пользователь
USER
Сделать предупреждение
Пользователю
USER